中统六头目顺利完成任务，通过甄别。唐毅雄通过麻上俊太的关系，看到了尸体。作为一名法医，唐毅雄发现尸体有蹊跷，虽然年龄、外貌、身形都和死者极其相似，但是并不是真正的目标。唐毅雄确认六头目中有内鬼，唐毅雄有暴露的风险，对方为了获得更多的信息，暂时没有上报。唐毅雄必须立即处理。宋老头亲自出手，控制住六人，准备全部毒杀。唐毅雄观察每人细微表情，内鬼竟然是资历最老的"松柏"，不甘心被边缘化，主动投靠日本人。上官刀一刀毙命，解决了内鬼。唐毅雄彻底收服中统中层，成为中统实际控制人。唐毅雄改变中统的风格，藏匿的更深，暗杀行动多改为下毒。下毒方式多种多样，76号毫无头绪，焦头烂额。
唐毅雄受到香织将军召见，日本人要成立经济振兴社。名义上发展经济，实际上为了侵略搜刮民脂民膏。以唐家在上海的地位，香织将军希望唐老爷可以出任会社主席。唐老爷拒绝，唐毅雄主动要求加入振兴社。每日都能看到大量的经济数据，分析这些数据，可以预测到小鬼子的军事行动，唐毅雄以军统名义向外传递消息，全是关于小本子近期一系列的军事行动。导致日方怀疑高层泄密，准备进行大清洗。在香织将军的安排下，唐毅雄的医务处组织为76号人员进行体检，唐毅雄收集到大量日伪人员信息。唐毅雄通过伤势和体貌特征进行分类，发现一名电讯人员身份可疑，怀疑为红色特工。唐毅雄没有声张，为其隐瞒下来。
76号两位大头目丁先生和李先生为争夺资源出现间隙。76号内部出现派系斗争。唐毅雄在暗中推波助澜，利用人员信息，试图制造内乱。丁先生出现慢性疾病，唐毅雄有意引导，让他怀疑是被人暗中下毒。双方内斗更加激烈，导致在针对红色间谍组织时出现重大失误。香织将军以此为借口清洗76号，麻上俊太受到重用，成为76号的三号人物，春子由明转暗，在暗中遥控76号行动。春子伪造红色间谍叛变名单，公开宣布名单由军统泄漏，挑拨双方内斗，坐收渔翁之利。
唐毅雄利用红色电讯人员的漏洞，有意将名单调换，将76号掌握的叛徒名单泄漏出去，调换了春子的名单。红色谍报组织没有遭到破坏，反而清楚内部的叛徒，连同军统受益。双方联手，刺杀了日伪12名高官，日方损失惨重，一时间高层人心惶惶。香织将军暴怒，追查下来，春子成为最大嫌疑人。香织将军将春子软禁，76号丁李两人落井下石，安排人员营救春子，香织将军将东久宫中毒案算在春子头上。春子被日方优待处理，死在自己人手中。
唐毅雄成为上海情报界大佬，法租界内却发生一起凶案。一名法籍女子惨死家中，从现场情况看，女人惨遭毒打致死。马丹将案件交给唐毅雄调查，唐毅雄以为是一次普通的凶杀案。在现场之外发现三大亨的打手，在现场发现多次闯入痕迹。女人尸体遭到破坏，尸检却发现有刑讯痕迹。唐毅雄离开现场，三大亨立刻发出邀请，将唐毅雄请到家中赴宴。死者为三大亨处理资金问题，一笔巨款不翼而飞。唐毅雄怀意凶手为日本间谍，唐毅雄暗示刑讯手法为小鬼子特有手法。三大亨暴怒，损失惨重。日方之前试图招揽三大亨的努力付之东流。香织将军提醒唐毅雄不可继续调查下去，马丹愤怒，下令防谍股针对日方开展工作，马丹将日籍法捕和被收买的法捕清理出防谍股。间接的为在租界中活动的各国间谍提供庇护。三大亨的资金在各方势力争夺之下，流入红色间谍手中，有了这笔钱，红色间谍收购了药品补给，为伤员提供救治。在唐毅雄庇护下，附近的活跃的游击队将损坏的武器运至法租界修理。法租界在马丹的经营下，压制了日方的势头。
战事进入焦灼的下一年，上官刀执意刺杀76号李先生，在中统的协助下，刺杀险些成功，杀死了李先生的贴身秘书。上官刀逃走，李先生受到惊吓，躲在76号不肯离开，上官刀只好放弃任务，暂时离开上海。孤听云奉命运送一批重要物资去重庆，孤听云意外发现所谓的重要物资竟然是上峰享乐的物资，孤听云气愤的要揭发此事，却受到追杀，负伤跌落江中。幸运得到游击队救助，在后方养伤。孤听云看到了不一样的军民鱼水情。唐毅雄通过多方调查，始终没找到孤听云下落。孤听云的失踪的引来多方怀疑，孤听云带伤出现，打消怀疑。
香织将军召见唐毅雄，计划对重庆进行一系列的经济破坏工作，同时拉拢高层。抗战进入相持阶段，双方眉来眼去。为了换取一批物资顺利抵达重庆，竟然出卖了一部分军统特工。唐毅雄提前截获电报，只造成少量损失。香织将军察觉76号有问题，逐渐怀疑到唐毅雄身上。唐毅雄利用中统人员设下定时炸弹，在76号门前引爆，炸死香织将军。趁机将伪造文件放于香织将军的办公室。日方取得文件，怀疑爆炸与76号两位头目有关。两人和重庆方面暗中勾勾搭搭引起日方忌惮。日方决定除掉两人，为两人灭亡埋下伏笔。最终在唐毅雄的挑拨下，两大汉奸死于日本人之手。
唐毅雄在之后的工作中，更加清晰的认识到隐蔽战线斗争的残酷和的不易，更加敬佩红色特工的信仰。受到唐毅雄的影响，一部分看破腐败的进步人士加入红色特工。唐毅雄暗中将家人转移香江，设计一出假死戏码脱身。改换身份，以新身份前往东北地区，重新开始渗透工作，孤听云成为他的得力助手，两人配合默契。