李由是在2004年由时出生的，是农历甲子中的甲申年。李由的父亲李向荣是光能伏事业起家的商人，他很看重历法时辰的说法，于是取了这个名字。
在李由七岁那年，她的母亲相原晴和因长期接触放射性物质，患病后很快去世了。在母亲的葬礼上，小李由安静地坐着，作为一个孩子来说，他表现得有些过于成熟了。这是他第一次接触到死亡的概念，一个人的生命停止了，再也不能对这个世界造成影响了。
相原龚平坐到小李由旁边：“我当时也是这个年纪。”
“什么？”李由问。
“你的太奶奶离开的时候，那时我差不多也是这么大。”相原龚平摸着李由的后脑勺。
“很难受吧。”李由摸着祖父的手。
“是愤怒，那个年代很疯狂的。”相原释然地叹了口气，他说，“索性最后还是走上了正确的路。”
“什么是正确的路？”李由又问。
相原没有直接回答李由，他接着说：“我有三个子女，两个儿子不争气，他们选择了容易的路。”
“那妈妈呢？”
相原看向灵堂前女儿灰白的照片，出神地说：“晴和她选择了放射性研究这个方向，就已经接受了会有这样的结果。”他来回摇着头，将拇指和食指捏在一起，漏出一道极小的缝隙：“这样算起来，我们这个家族与这小小的原子，真是有不解之缘。”
李由接着问：“知道结果，那为什么要这么选呢？”
相原从桌盘里拿起一个苹果，从半空中脱手落下，苹果直接掉到地上，他问：“苹果为什么会落下来？”
李由很早就知道牛顿的故事：“因为有重力。”
“为什么会有重力？”相原继续问他。
“嗯？”李由一愣，很多人向他讲过牛顿被苹果砸到的事迹，但从来没有人接着问过这个问题。对啊，牛顿被苹果砸到，他发现了万有引力定律。那么，为什么会有重力呢？
“这个反应很正常，大一统理论还没有统一引力。”相原看着李由，“不过听到这个问题的时候，你的第一反应是什么？”
“疑惑。”
“然后呢？”
“想知道？”
“想知道什么？”
“想知道答案。”
“这就是原因，这就是晴和为什么会选择这条路。”
“因为想知道答案？”
“没错，就是这样的好奇心。”相原笑了笑，“我问过他们三个同样的问题，大儿子的第一反应是搪塞过去，二儿子的第一反应是我不该这么问，他们最后一个去了国会，一个去搞外交。晴和的反应跟你一样，是好奇。”
“好奇心很重要吗？”李由眨着眼睛问。
相原点点头：“我们对这个世界的理解，还停留在现象归纳这一层，苹果掉在地上，我们发现了重力，归纳出重力的公式，但为什么会有重力？这个世界的设计需要往更为微观的领域寻找。人类的所有发明都是发现，一切的设定原本就存在了。”
“那微观的领域里有什么？”李由也将拇指和食指捏在一起，漏出一道微小的缝隙。
“打过乒乓球吧。”相原突然说。
“还拿过奖牌。”
“你看，打乒乓球的时候，正常的对手有来有回，但我们对这个世界的理解，不超过两板子。”
“那我们对面的人是谁？”李由立刻问。
“未知。”
在母亲的葬礼这一天，好奇心的种子在李由的心里播种发芽。连相原龚平也没有预料到，这颗种子的生命力极其野蛮，甚至是疯狂。之后，李由在中国读完义务教育，高中在一间寄宿制学校完成中学教育，然后申请到普林斯顿大学专攻基础物理专业。教过他的物理老师都对他很有印象，那个孩子有种过分旺盛的求知欲，他不能接受没能解开的问题，似乎他渴望知道一切的答案。
后来，秦皇岛环形高能粒子对撞机项目提上日程，李由经过家族内部保举，顺理成章地选入预备队成员。自此李由回到中国京北市，准备投入到高能粒子项目的研究中。在以往的研究中，他深刻明白基础物理的瓶颈所在，在现象与本质之间，似乎隔着一道天花板，必须要往微观世界更进一步，才能打破那道天花板。而环形高能粒子对撞机就是了解微观世界的通道，这是眼下人类文明突破瓶颈的机会。
也就是在这一时期，李由遇到了于波，作为预备队为数不多的同龄人，他们互相照应了很多事。李由对于波的印象中，他是个亲和但不易亲近的人，他中规中矩地完成手头的工作，很少对人袒露内心真正的想法。在逐渐地相处中，李由渐渐感觉到了，于波的性格底色是清醒的悲伤。于波具有惊人的数学天赋，他很清醒地看到人类的瓶颈，但他又无力改变任何现状。他所能做的，就是保持这样清醒的悲伤。尽管于波在预备队表现平平，但李由对于波有很高的评价。也就是这种渊源的存在，很大程度上影响了李由后来的判断。
秦皇岛项目筹备不到一年，就在论证会上以九比一的票决差，被否决了。环形高能粒子对撞机项目宣布无限期搁置，预备队人员各自遣返回原单位。李由之前的人生都太顺利了，这是他遭受的第一道天堑。
这条路太超前了，路上的人就落后了。他明白他无法改变决议结果，本世纪内大概也很难有新的粒子对撞机项目。这个时候，李由意识到了，他可能与答案终身无缘了。他有种精神崩塌的感觉，仿佛一切都失去了意义。如果命运想要捉弄一个人，就给他无尽的求知欲，然后把答案藏在永远找不到的地方。
预备队遣散后，大部分成员都有妥善的去所。能选拔进这个项目的，本身在业内就有一定影响力，最不济也是回到原单位。但于波是作为青年人才选进来的，他并没有合适的去处。李由向伯父求了个情，把他转到医学院去了。
把一切都安置妥善后，李由做了一个决定，他去大西北支教。于波和李由因为秦皇岛项目结识，项目落马后两个人各奔前路，一个选择了生育，一个选择了教育。生育是文明的深度，教育是文明广度，他们在各自的道路上分道两散。
李由的父亲李向荣，是在大西北从事光能伏事业起家的，但李由从来没有去过西北。伯父李向峰对他说的那句，听说过高能粒子对撞机的人还没吃不上饭的人多，这句话深深刺痛了他，他决定去贫瘠的地方看一看。李由选择到甘肃靖宁的一个小县城支教，这也是父亲当年下乡的地方。
实际上，在本世纪初期，“贫”就渐渐在中国大陆消亡了，李由并没见到吃不上饭的人，这个小县城更多的是“穷”。这是一个穷得很普通的地方，没有大山环绕的交通不变，也没有风沙漫天的水土贫瘠，就是很普通的穷。镇上的经济产业不多，几乎没有额外收入，但生产力高度进步的现代社会，人们随便找点生计也能维持温饱。这里的人，他们什么都不缺，也什么都不多，日复一日地重复着平常的生活。
李由真实地感受到，人可以什么都不知道地活着。但一旦想要探求知识，就会卷入到宏大的虚无中。这就是知识的诅咒。
李由在这里担任初中物理老师，他本想教高中物理的，但镇上没有设立高中，高中要到市区里去读。这里的学生是初中才接触到物理的，李由是他们的启蒙老师。
人对物理都有种天然的好奇，很多学生因为这门课程新颖，刚开始接触时都很感兴趣，学得非常起劲。但很快，随着学习难度增加，一些学生慢慢觉得课程枯燥乏味。喜欢新奇的现象，讨厌复杂的公式，是物理学习的通病。
但有个学生不同，他是李由非常喜欢的学生，名字叫周孝。刚开始学习的时候，他就能理解很多概念，而且对公式应用也很得心应手，在物理方面很有悟性。李由甚至感觉，这个孩子不亚于这个当时的自己。
有一天，周孝在做测验的时候，一只手捂着肚子，另一只手撑着笔写字，脸上有些惨白，额头上不停冒着汗珠，一眼看上去就不对劲。李由过去问情况，周孝撑着笑说没事。问了周围的同学，才知道应该是饮食不良胃穿孔了。李由很清楚，胃穿孔像是从肚里划开的伤口，但周孝就是忍着不去医院。
穷人生病的第一反应不是去医院，而是忍一忍。他们对付病痛的药方，就是忍受。周孝坚强地忍受着，似乎物理题就是他的止疼药，思考的时候就忘记疼痛了。李由完全不能理解这种做法，他立即把周孝送到了医院。
周孝的父母来到医院后也很惊讶，这个孩子太懂事了，完全没有告诉家人生病的事。李由本来想责怪父母，现在看来也不怪他们，那该怪谁呢？李由突然意识到，他的支教是没有用的，就算读到大学，也是一样的。这个孩子，将来不会从事物理研究，大概率会选择一个容易就业的方向。李由心里冒出一个想法，这个学生的天赋，是不亚于自己的，那是什么造成了他们之间的差异？是出身？是机遇？还是别的社会属性？
李由在靖宁支教这段时间，才慢慢开始了社会性方面的思考，他以前眼睛里只有自然科学。明明人类个体身上具有探索的潜力，但这份天赋经过社会化的运转后，都消磨在无谓的重复工作里。这是一个不需要考虑温饱的年代，到底又是什么剥削了他们的时间？
生产力进步把人从土地里解放出来，分配又将人困在另一片土地里。后世很多学者分析李由的时候，几乎都忽略了这段经历，实际上他在靖宁的这些思考至关重要，对李由以后的选择有一种无形的推力，让他更加坚定地走上了一条疯狂之路。
支教的四个月后，李由突然接到相原龚平病危的消息，他已经很老了，大限迟早会到来的。相原龚平在病倒前的最后一句话，是一定要再见到李由一面。李由在收拾离开靖宁前，留给了周孝一笔教育基本，供养他一直读书。尽管只是杯水车薪，但并不是什么都不做理由。最后与学生们告别后，李由就动身回京北了。他心里很清楚，这次离开后，应该很长时间都不会回来了。
相原龚平重症护理的病床前，他已经遣散了其他人，只有李由在他旁边。
“你应该听说过，”相原龚平有气无力地说着，“爱翁生前的最后一课，我是唯一的学生。很多人都好奇，他最后传授了我什么？”
“老爷子，休息会吧。”李由握着他的手说。
“实际上我已经都传授你了，就还剩下一个问题。”相原龚平费力地伸出一根食指。
“问题？”李由疑惑地看着那跟手指。
“他问了一个问题，原子大门后面究竟是什么？”
“什么？”
“这个问题我穷尽一生，也没有答案，而且现在看来，可能这个问题本身也就没有答案。”
“原子反应的大门之后吗？”李由确认了一遍。
“我不知道该不该告诉你，我已经害了晴和。你是不是也要走这条路呢？”相关龚平垂着眼睛看着李由。
李由握着他的手：“我已经在路上了。”
相原龚平闭上了眼睛，仰面对着天花板：“每年夏天，我都会去广岛看一看，今年怕是没有机会了。”
“老爷子，休息会吧，以后有机会的。”
“你代我去看一看吧，之后你要不要继续走这条路，都可以的。”
李由明显感觉到，相原龚平所剩的时间已经不多了。他决定接替着祖父的脚步，继续接下来的探究。他要去一趟广岛，既是祭拜亡故的先祖，也是到最开始的地方去看一看。李由出门在外都喜欢用化名，以防过分招人关注。李甲申是他惯用的化名，他是甲申年出生的，甲申的中心对称变化就是由。
盛夏已至，很快就要到历史上广岛原子弹爆炸的日期。李由买了一张去广岛的机票，并不知道接下来的旅程会发生什么。