在送别柳爷爷后，三人在港口等待船只，上一班离开蓝普尔其市的船，被他们错过了；大木博士所坐的双程船，不顺路。
看着向远方驶去的轮船，在湛蓝的天空下，一望无际的大海边上，坐在港口边的三个倒霉蛋，正在哀声叹气。
“如果那艘船是通信船的话，就好了。”
这里是小码头，回去大陆本土的只有通信船，会进出这的港口码头。
小智向后一仰，躺在地上，望着天，最近的一班船，在三个小时以后。
小霞垂头看海时，一只神奇宝贝钻出海面。
“哎，是墨海马耶，好可爱哦。”
听到神奇宝贝，小智立马起身。
“在哪里？”
看着那只与他们对视着的墨海马，小智郁闷的心情瞬间就变好了，立刻拿出图鉴，对准墨海马。
“哗，墨海马，海龙神奇宝贝，每年春天产卵数千个（非神奇宝贝蛋），负责抚养工作的是公墨海马，是很罕见的神奇宝贝。”
新手训练家小智，还在阅读图鉴上的资料，而身为老手的小刚，直接开始观察起神奇宝贝本身。
“它看起来好像伤害了，你们看它的眼睛。”
两人向墨海马看起，发现它的右眼真的受伤了，像被重量级拳击手的重拳打过一样。
“可是这附近也没有神奇宝贝中心啊……有办法了。”
小霞拿宝贝球，打算收服它；宝贝球对神奇宝贝来说，可以算是一个简易的，微型疗养所。
而墨海马，这时通过它的吐墨能力，在海面上画出了两只巨大的水母，并对三人发出叫声。
“它好像在对我们说什么耶。”
“现在，应该以治疗它的伤口为优先，进来宝贝球里面吧。”
就在小霞准备丢球时，海上离他们不算远的一艘运输船发生了爆炸，热浪扑到三人脸上，三人被惊呆了。
不过还好，小智他们发现，船上的标志表明，这是艘无人驾驶的试验船。
三人通过船身上的广告，立刻找到了建造这艘船上的公司，这家公司的社长吓立小智他们一跳；她几乎长的跟金婆婆一模一样，连口头禅都一样。
“非常感谢你们提供的消息，婆婆。”
小智看着她，还是没忍住自己的好奇心，问了起来。
“请问，我们是不是在蓝普尔其见过面？”
听到这话，这位婆婆非常的生气。
“你们不要把我跟那个性情古怪的人扯在一起，婆婆，我是她表妹，婆婆。”
“啊！表妹？”
“没错，我要在这建设出，超越蓝普尔其的观光度假区（没人问她），婆婆。”
“这么说海上那个也是喽？”
小霞指向窗外，那还在建设中，但也颇具规模的海上城市。
“这个当然喽，那可是最大的招牌建筑哦，超级豪华海上旅馆，天堂乐园大酒店，王牌中的王牌，就是建好之后的，被全世界最美丽的珊瑚礁，所围绕的蜜月套房了，婆婆，但是……那些烦死人的玛瑙水母，却老是爱跑来妨碍我的工程！”
“玛瑙水母？”
“因为那些玛瑙水母，害的观光客们，全都到蓝普尔其那里去了，为什么世界上会存在那些令人讨厌的东西？”
听到这话，小霞有些生气。
“你说令人讨厌？”
“恶心顶啦，也不能够拿来吃，它就只能妨碍我赚钱，你们几个（用拐杖指向小智三人），我看你们相当不错，你们来帮我赶跑水母怎么样？婆婆。”
“啊？”
“我当然不会叫你们做白工，成功的话，一年之内，全世界最豪华的晚餐，随便你们吃到高兴，还有奖金一百万元，跟饭店的住宿券一年份，怎么样啊？婆婆。”
“哇！太棒了！”
看着银婆婆所展示的奖品，小智高兴的跳脚。
“但你们要把那些水母赶跑才行，婆婆。”
忍无可忍的小霞，吼了句我拒绝后，夺门而出，二人也只好追上去。
“等一下啦，你到底在生什么呀？”
“那个老婆婆简直是气死人了。”
“她哪里惹到你了？”
“她竟然讲玛瑙水母的坏话。”
“啊？”
“它们是那么的可爱。”
听到这话，小智拿出图鉴开始搜索起玛瑙水母。
“哔，玛瑙水母，水母神奇宝贝，身体百分之九十由水组成。”
看着玛瑙水母的照片，小刚与小智只能感慨人的审美各不相同。
“可爱的玛瑙水母会袭击船只，背后一定有什么理由。”
“真的是这样子吗？”
“哼，你知道什么，玛瑙水母摸起来软软的，非常舒服耶，而且它的头是红色的。”
“这是谁讲的？”
“是我自己讲的啦。”
“你一扯上水系神奇宝贝，整个人都变了。”
“真可怜，你们是没有办法了解那种魅力的。”
三人继续走，找到被宝石海星带到陆上小泳池的墨海马。
“身体怎么样？还要不要紧？”
墨海马点头表示身体没问题后，又通过叫声向三人传信息。
“什么？你想要告诉我什么呀？”
小智想到了墨海马上午画的那幅水母。
“小霞，可能是那幅画，你不觉得很像玛瑙水母吗？也许它是在告诉我们水母的事。”
“或者是船只沉没的事。”
“墨海马，是这样吗？”
墨海马点点头，与人娄交流真麻烦。
这时，广播中传来银婆婆的声音。
“注意，注意，大家听好了，为了打败我们码头的天敌，妨碍工程的玛瑙水母，我要出资召集勇士，我这个人做事一向最大方，为我赶跑那些水母的人，我要发给他一百万元，婆婆可是一言九鼎的，婆婆。”
听到这广播，小智心里一沉，头冒冷汗。
“看来真的要大决战了。”
广播还在继续。
“……想让本地有发展的人，现在就聚集到游艇码头来吧。”
听到这话，小霞心存侥幸。
“这个时代，大家都挺有钱的，应该没人会为钱代她卖命吧。”
但很可惜，这只是幻想，人群如洪流般涌向游艇码头，纷纷要求自己来包揽这个任务。
银婆婆从坦克中探出头来。
“各位民众，各位勇士们，一百万元到底会落入谁手中呢……”
就在这时，火箭队通过华丽的登场，吸引了银婆婆的眼球，并在展示了自己那些天马行空的科技后，成功将这项任务包揽了过来。
看着这些对海洋毫无敬畏的人，小霞感到难过。
“大海是有自己的感情的，它是会发怒的。”
在快艇上的火箭队三人，畅想着自己完成任务后的未来。
“用这桶东西，只要把这个东西倒进海里，玛瑙水母就会浑身无力了，然后把水母抓到市场去卖，又可以多赚一笔。”
“可以轻轻松松赚钱，好快乐……嗯？船怎么在后退？”
武藏起身一看，发现快艇已经被玛瑙水母包围了，并正在将船向港口推。
看着这群玛瑙水母，小次郎将那桶东西直接倒入海中，但这桶东西却没能达到火箭队原本所想的交果，反而让这群玛瑙水母的首领，在喝光这桶东西后，直接从水母变成了七八楼高的巨兽，将港口边聚集的“赏金猎人”全给吓跑了
“居然有这种事！毒刺水母再怎么大，也没有像这样长到二十米的。”
小智拿出图鉴。
“哔，毒刺水母，玛瑙水母的进化型，无数的触手是它最强大的武器，绰号叫海中流氓。”
看着正在摧毁海上城市的巨大毒刺水母。
“果然是流氓的头目啊。”
“毒刺水母，不可以这样。”
银婆婆看到巨大毒刺水母正在破坏自己的财产，便直接向它发射炮弹，但却毫无伤害，还将它的注意力吸引了过来。
毒刺水母进入市区大肆破坏，群众们聚集到了广播塔。
“原来墨海马想告诉我们的是这个。”
“可是为什么？这到底是为了什么？它们这么做的话，真的为被大家所讨厌的。”
这时绑架了火箭队的喵喵的巨大毒刺水母，来到了众人面前，隔着窗户如探监般，开始用念力控制喵喵，向众人发话；而其他正常大小的毒刺水母和玛瑙水母继续在市区中进行破坏。
“我们是毒刺水母和玛瑙水母，这一次你们人类破坏了我们居住的地方，所以我们就破坏你们住的地方做为报复，任何人都没有资格指责我们的。”
听到这话，小智明白了，银婆婆身为一家地产公司的社长为什么要研究无人驾驶的货轮。
那个饭店的建地是它们的住所，为了保护住所，它们会攻击开向那边的船只，因为袭击多了，银婆婆的员工也少了。
而这时，巨大毒刺水母停止了攻击；墨海马正在对它进行劝说。
“我是绝对不会罢手的，我要让那些人类知道失去家园的痛苦，像你这样无能的软弱态度，比我们这些没骨头的都还没骨气，就休怪我教训你了。”
看到将要被攻击的墨海马，小霞派出了自己的神奇宝贝去救它，小刚与小智也派出自己的神奇宝贝进行掩护。
在将墨海马救下来后，小霞走了出去，去进行墨海马未完成的事业。
“毒刺水母，求求你住手吧，你们的意思，我们已经知道了，我们再也不会破坏你们住的地方了，看看那些哭泣的孩童吧，他们是无辜的，求求你们回去吧。”
巨大毒刺水母，看了一眼惊恐的人群。
“下一次，就不会这么简单的了事了。”
巨大毒刺水母，带领着它的族群，回到了海洋中，而做大的恶人银婆婆，也因此倾家荡产了，还得了失心疯。