为了对抗娜姿的超能力神奇宝贝——勇吉拉，小智一行人，离开金黄市，来到了紫苑镇，在一系列“惊悚”又搞笑的事情后，小智与幽灵神奇宝贝建立了友谊，并得到了鬼斯通的帮助。
现在他们又回到了金黄市。
“我们终于回来了。”
俯瞰着金黄市，小智自信不疑。
“我觉得这一次，我一定能赢，对不对？小刚。”
小智转头想从伙伴那得到一个鼓励，却发现小刚离自己远远的。
“是啊，你……你加油吧。”
“你怎么了，小刚？”
“我还是觉得，我有点，不能够适应你的新朋友耶。”
听到有人在谈论自己，鬼斯通从小智的背包里飘了出来。
“你很奇怪耶。”
“是啊，我觉得看久了，它还挺可爱的，对不对？”
听到小霞夸自己，鬼斯通蹭了蹭她。
“可是，这个……”
看到小刚还是有点难接受，小智只好对其表示理解。
“鬼斯通，这个城市里，住着一个叫做娜姿的神奇宝贝训练家，她有一个超能力神奇宝贝，鬼斯通，你是幽灵神奇宝贝，所以不怕超能力神奇宝贝，你愿意帮助我吗？”
鬼斯通大笑着点点。
“好，黄金徽章就是我的了。”
小智他们来到了金黄道馆的门前，小智回想起了上次的对战。
“娜姿，可怕的对手，上一次我们被她修理的好惨，这一次就不会有那种可能了。”
小智看向两边，本想在自己的同伴眼中看到同样的斗志，却发现他们已经跑到自己身后去了。
“啊？你们怎么回事？还有皮卡丘，你也是。”
“你要好好努力喔。”
“我们就在这里等你好啦。”
“你们几个搞什么嘛，你们不是要当见证人的吗？”
“上次你被打败了，还拖累我们，我不敢再来等二次了啦。”
小霞回忆起，当时被娜姿变成迷你人后，被“巨人”娜姿支配的经历。
“娜姿实在太可怕了。”
“可是，我不是已经找来鬼斯通帮忙了吗？”
小智指向嬉皮笑脸的鬼斯通。
“可是我感觉，你不像是请鬼斯通来帮忙，反而较像是被鬼斯通附身了。”
“你没问题的吧，鬼斯通。”
鬼斯通持续大笑。
“鬼斯通又在笑了耶。”
“它好像很有自信的样子。”
“只要打赢，不就好了，你们怕什么啊，更何况有鬼斯通在，这次自然就不会像上次那样，被娜姿修理的那么惨了，而且还有……”
“还有？”
小智将自己的神奇宝贝全派了出来，每只出来的时候都高叫一声。
“大家一起的话，才不会怕呢。”
三人再次来到神殿似的对战场地。
“娜姿，我要求以一对一的方式，做正式比赛。”
“用你的神奇宝贝来比赛呜？可是凭你的神奇宝贝，是没有办法打败我的勇吉拉的。”
“这一次，绝对不会像上次那样了。”
“你要是输了，就得留下来陪我。”
娜姿从“王座”，漂浮到对战场地。
“去吧，勇吉拉。”
“我的神奇宝贝是鬼斯通，上吧，鬼斯通。”
“什么，他已经收服鬼斯通了？”
娜姿有些小惊讶，但在等了一会后，鬼斯通并没有出现，勇吉拉也没感应到鬼斯通的气息。
“怎么了？”
“呃，鬼斯通？”
小智再次呼唤鬼斯通，但它还是没有出现。
“诶诶诶，鬼斯通，你在这里吧？你不要恶作剧了，快点出来啦。”
看到这一幕的小刚和小霞，摇摇头。
“看来鬼斯通，它是很率性的。”
“那是来路不明的幽灵神奇宝贝嘛。”
在对战场的小智，都快哭出来了。
“怎么会这样，好失望啊。”
“你在干什么啊？快点拿出神奇宝贝跟我对战啊，不然我就把你们三个给收服。”
听到这话，三人吓了一跳。
“小智，这样子下去不妙了耶。”
“小智，你快点派别的神奇宝贝上场。”
“知道了。”
小智想派皮卡丘上场，皮卡丘吓得连连后退，杰尼龟被打的时候，它在现场。
小智见此，想让小火龙上场，它会金属爪，能打一下，但小火龙却摇头拒绝，杰尼龟跟它们说过那场对战，外伤很轻，内伤很重，且不会高速旋转的话，它连走者走不动。
“怎么这样子啊？”
觉得自己被耍了的娜姿很生气。
“你到底在干什么。”
“呃，我……没有，呃。”
“我问你在干什么？”
“我……呃……”
在小智无法给自己一个合理的解释，娜姿先是将小刚和小霞变成了布偶，然后开始给小智进行起十秒死亡倒计时。
而就在最后三秒的时候，那个奇怪大师又出现了，并再次将小智带到了一个安全的地方。
“是他？”
小智和大叔坐在公园的长椅上。
“哎，不行啊，我那是害怕那个娜姿。”
“哎，那孩子以前不是那样的。”
“叔叔，听你那么说，你以前认识娜姿啊。”
“啊？不不不不，我只是听说而已。”
大叔开始回忆往事。
“娜姿从小就拥有强大的超能力，也对训练超能力十分的热衷，但那时的她因为控制不住那么强大的力量，造成了很多危险的事情，这让她的父母感到恐惧，也让她交不到朋友，还一直被他人所指责，从那以后娜姿就变成了双重人格，一个是不输给任何人的好强娜姿，一个是喜欢恶作剧的渴求朋友的孤独娜姿，而她的父母在意识到错误，想进行补偿时，也被她用超能力赶了出去，而她中的娃娃，是她小时候没被人认为是危害的时候的模样。”
大叔拿出了一照，娜姿小时候的全家福给小智。
“这跟娜姿房间里的那张一样诶……”
小智隐约知道了大叔的身份，但为了顾及他的面子，便向他问起了小刚和小霞的事。
“我是无法让他们俩个平安回来了。”
“啊？”
“想要将他们救回来，必须先打赢娜姿才可以，你不是知道这一点，才去收服幽灵神奇宝贝的吗？”
“鬼斯通，它不知道跑到哪里去了。”
“原来是又回到“果然……哎。”
小智开始在金黄市的大街小巷穿梭。
“鬼斯通也真是的，跑到哪里去了嘛。”
而这时候的鬼斯通一直漂浮在金黄市的上空，中途还对伪装成修玻璃，进行入室盗窃的火箭队进行了一番恶作剧。
而火箭队的惊叫声，帮助小智发现了鬼斯通。
“大好了，鬼斯通，原来你在这里。”
鬼斯通飞到小智身边。
“太好了，那我们快点去挑战娜姿的道馆吧。”
鬼斯通挠头，表示自己不记得还有这事。
“鬼斯通，你不是答应我的吗？你说你要跟我一起去对抗娜姿的。”
鬼斯通闭目沉思，自己不记得了有事。
“讨厌，你这么快就忘记了啊。”
鬼斯通开始大笑，这让小智明白了，它在对自己恶作剧。
“嘿嘿，拜托你了啦，就这一次，这事关我同伴的生命，拜托你了。”
鬼斯通笑着点头答应。
画面一转，小智第三次向娜姿发起了挑战。
“你又来了，真是不要命，不管你挑战几百次，都不可能赢我的。”
“我告诉你，就算输给你，被变成了娃娃，我也不可能丢下小霞和小刚，独自逃离这里。”
“既然你有这个觉悟的话，陪你玩玩也可以，战斗方式是一比一，去吧，勇吉拉。”
“上吧，鬼斯通。”
“鬼斯通？你的鬼斯通好像并不在。”
“啊？不会吧？”
“你又耍我，我要把你也变成娃娃。”
“啊？鬼斯通，鬼斯通，你快点出来啊！我们不是已经约好了吗？拜托你，快点出来……”
就在娜姿准备使用超能力时，皮卡丘上场了。
“皮卡丘，你破解不了她的超能力，你会被打败的，快点回来吧。”
“皮卡！”
“你不想看到我被变成娃娃吗？”
“皮卡丘。（点点头）”
“皮卡丘，对不起，谢谢你的大恩（泪目）。”
比赛正式开始。
“皮卡丘，使用电击。”
“勇吉拉，瞬间移动。”
“皮卡丘，十万伏特。”
“用幻象光线打败它。”
“皮卡丘不要输给它——”
在二者对波的时候，鬼斯通突然出现在娜姿身边，那个奇怪大叔也出现在小智身边。
“二比一，违反规则……”
“鬼斯通它并不是在对战，它只是一个人在玩罢了，这样不能够算是犯规啊。”
在大叔进行辩解的时候，鬼斯通开始对娜姿搞笑。
在鬼斯通的恶搞下，娜笑了，笑的不可开交，而看到娜姿的笑容，大叔的眼泪流了下来。
“从小就因为超能力而被别人害怕的娜姿，是从来没有露出笑容的，我还是头一次看到那孩子露出这么快乐的笑容，太好了，太好了，这样的话，娜姿的精神就可以恢复正常了。”
“那我的同伴怎么办啊，大叔？我请来了能打倒超能力神奇宝贝的鬼斯通，结果它反而和娜姿成为朋友了。”
“你看看吧。”
大叔指在地上捧着肚子的勇吉拉。
“勇吉拉它这是怎么了？”
“勇吉拉它，是用心灵感应与娜姿交流的，它那是在捧腹大笑，跟娜姿一样笑的不可开交。”
“什么？那这场战斗要怎么算啊？”
“这场比赛算你获胜了。”
在笑声中，娜姿的精神恢复了正常，她手里那个代表着她第二人格的洋娃娃也消失了，变成玩偶的小刚和小霞，以及因为悔恨而自愿被变成人偶的娜姿的妈妈，边都恢复了正常。
小智三人在见证了一个因幽灵带来的欢乐，而恢复正常关系的家庭后，再次踏上了旅途。
“再见了。”
“路上小心，以后常来哦。”
“谢谢你了，少年。”
“再见了。”
三人走出黄金市，小智得到了徽章，也完成了诺言，他真的帮鬼斯通它们找到了一直可以陪它们玩的伙伴——娜姿。
欢声笑语可以打破孤独，朋友的笑声会盖过他人的偏见，不要感到孤独与自卑，再孤独的人，也能有跟自己一起大笑的人，不顾他人的眼光的笑吧，这也许能让你收获一只鬼斯通当伙伴。