朝向拥有第七个徽章的红莲道馆，继续旅行的小智一行人，在路途上遇到的挑战，也是重要的修行项之一，小智这次的对手，是一位穿着橘色风衣，留着络腮胡的中年男子。
二人皆神情严肃的看着对方。
“上吧，独角犀牛。”
“娃妙蛙种子，就决定是你了。”
“使用猛撞攻击。”
独角犀牛奔跑时引起的震动，让在旁边观战的小刚和小霞感到惊恐。
“好像发生地震了耶。”
“独角犀牛的猛撞攻击是很厉害的，要小心啊，小智。”
“上啊，妙蛙种子，使用寄生种子。”
寄生种子成功的种了上去，但妙蛙种子也结结实实的挨下了猛撞。
看着颤颤巍巍的妙蛙种子，小智打算把牠收回来。
“回来吧，妙蛙种子。”
妙蛙种子躲开宝贝球射过来的红光，摇头拒绝避战。
“你在干什么呀，快点回来。”
“小智，我看妙蛙种子没有打赢是不想回来了。”
小智的对手笑了起来。
“哈哈，竟然不听训练家的话，你修行还不够喔，独角犀牛，使用猛撞攻击。”
“上吧，妙蛙种子，快使用飞叶快刀。”
飞叶快刀命中铁角犀牛的脚，让牠摔了个狗啃泥，妙蛙种子乘胜追击，用藤鞭解决了牠。
“独角犀牛。”
“耶，赢了。”
“我忍输了，小弟弟，你很了不起哦。”
“哪里，独角犀牛也很厉害啊。”
“小智，你的妙蛙种子个性很好胜哦。”
“对呀，小智的神奇宝贝都是很有骨气的。”
看着看向自己的小霞，皮卡丘歪头疑惑。
小智正准备抱一抱妙蛙种子的时候，却发现牠倒在地上，表情难受。
“你怎么了，妙蛙种子？身体不舒服吗？”
妙蛙种子背上的种子开始闪闪发光，小智直接将牠抱起，向大叔所指的神奇宝贝中心方向跑去。
“妙蛙种子的身体非常不舒服，请问牠是不是生病了。”
乔伊小姐仔细观察着妙蛙种子，心里有了猜想。
“这个应该是……总之你不用担心，妙蛙种子没事，不过据体情况要细细检查后才知道。”
说着乔伊小姐将妙蛙种子带进病房，留下小智三人看着花瓶中莫名其妙绽放的观赏花。
不一会乔伊小姐走出了病房。
“乔伊小姐，我的妙蛙种子怎么样了？”
“别担心，牠只是开始出现进化的征兆而已，没问题的。”
“进化的征兆？原来牠并不是生病啊。”
“太好了，小智，刚才那个陌生训练说你训练不够，不过事情证明，你明明训练的很好嘛。”
“嗯。(???)”
“妙蛙种子进化以后，会进化成妙蛙草哦。”
“那么，乔伊小姐，我的妙蛙种子什么时候会进化啊？”
“你先等一下。”
乔伊小姐带三人来到窗边，看着窗外的草坪，陆陆续续，草坪变成了花海。
“啊，跟刚才一样耶。”
“刚才是指……”
“刚才妙蛙种子被进来的时候，花瓶的花就突然开花了。”
“哦～”
“啊，花朵发出亮光了。”
花朵上浮现出光点，上升到空中，汇聚在一起后，向一个方向飞去。
“据说妙蛙种子到了某个时期，就会不知涌自各处，聚集在一起，举办类似进化的祭典，而那个祭典呢，好像跟月亮的圆缺或是星星的运行有关，哦对了，牠不见得是在每年的同样的季节举行的。”
“好浪漫哦。”
“看来我们是遇见了重要的时刻了。”
“进化是在哪里发生的呢？”
“在被称为不可思议花园的地方哦。”
“是在不可思议花园吗？”
“对，可是到目前为止，从来都没有人看到过那个地方，所以一度被认为只是幻影呢。”
“我不认为这些花是幻影，我相信不可思议花园一定是在某个地方才对。”
“不可思议花园啊，我也很想看一看哦。”
画面一转，来到了半夜，小智一行人正在宿舍里睡着觉，而妙蛙种子则在这时，走出神奇宝贝中心，皮卡丘听到声音，从睡梦中醒过来，跟了上去。
妙蛙种子看着天上的圆月，心事重重，皮卡丘这时候来到牠身边。
现在让我们来到神奇宝贝的语言频道。
“你怎么了？”
“皮卡丘？”
“你看起来有些难性，是有什么地方不舒服吗？能跟我说说吗？”
“我在想进化的事情，进化之后，我会变成什么样，小翠还会不会认得我，小智会不会讨厌我，如果会的话，我绝对不进化。”
“放心，不会的。”
“真的吗？我不会被讨厌吗？”
“真的。”
“我决定了——”
就在妙蛙种子下定决心之后，牠的背后突然伸过来几根藤边，将牠捆了起来。
这六只妙蛙种子将小智的妙蛙种子用藤条架在空中何，便开始逃跑，皮卡丘追了上去，却被地上突然冒出来的树根给绊倒了。
看着跑远了的妙蛙种子，皮卡丘回到宿舍，电信小智之后，带上几人寻着妙蛙种子留下的痕迹，追上了去。
“只要顺着这些流动的花粉，一定可以找到妙蛙种子的。”
“也一定可以找到不可思议花园。”
就在这时，路两旁的树枝开始不断沿长，并像群蛇般，开始追逐小智他们。
“啊，这是什么？！”
“整个森林都开始动起来了，啊，你们看，这些树想把路堵塞起来。”
“开什么玩笑，无论如何，我一定要把妙蛙种子给找回来，跳。”
在树枝快要编织成木墙的时候，小智三人在千钧一发之时，跳过了那即将被“缝”上的洞口。
三人看着树后这堵高耸的木墙。
“差一点就过不来了。”
“原来如此啊，怪不得从来没有人看见过，这也难怪。”
“总之，我们必须向前进了。”
此时比他们先行一步的皮卡丘从背后传来叫声，呼喊三人。
“怎么了，皮卡丘？”
三人跑皮卡丘身边，看着下方巨大的坑谷，三人愣了一下。
“啊，这里就是不可思议花园啊。”
坑谷内，许多的妙蛙种子唱着属于牠们自己的歌谣，将花粉引向中间那棵光秃秃的大树，大树一瞬长出许多的新枝，每根树枝上都有着粉红色的花苞，坑谷内，一瞬间长出了花海。
“哇，好棒哦。”
“真漂亮。”
大树的树洞中闪起一阵白光，内里传来巨大的声响。
“这声音是什么啊？”
不一会，一只巨大的妙蛙花从中走了出来。
“是妙蛙花耶。”
“好大哦。”
“叮，妙娃花，种子神奇宝贝，是妙蛙草的进化行，经常在有阳光的地方定住不同，有人猜测，牠应该是在进行光合作用。”
“光合作用啊，那么是植物喽。”
“奇怪，我的妙蛙种子呢？”
“好了，你的妙蛙种子，头上有贴创可贴哦。”
小智仔细观察着这些妙蛙种子的头。
“啊，找到了，妙蛙种……”
小刚一把将小智的嘴给堵上。
“我们是不请自来的客人，你小声点啊。”
小智点点头，小刚松开手。
“我们暂时看情况吧。”
坑谷内，妙蛙花开始主持起祭典，妙蛙种子们随着妙娃花一起发出奇特的叫声；除了小智的妙蛙种子。
仪式完毕之后，妙蛙种子们，背上的种子都开始闪闪发光，不一会，牠们就进化了，三人看到这一幕，感到震撼。
“好厉害啊。”
“叮，妙蛙草，种子神奇宝贝，牠的背上背着一个巨大的花蕾。”
坑谷内，妙蛙花引领着妙蛙草们，歌颂祭典。
“这是进化的庆典耶。”
“从以前到现在，对于妙蛙种子到底是植物还是动物这一点，大家意见一直很分岐，可生物只要缺少任何一方，就没有办法维持生命了。”
“大家是彼此相互依赖的。”
“牠们可能就像是这颗星球上，所有生命的象征呢。”
“妙蛙种子，我的妙蛙种子也有进化吗？”
小智看向自己的妙蛙种子，牠还是原来那个牠，而妙蛙草们和妙蛙花也都注意到了牠。
再次来到神奇宝贝的语言频道。
“你为什么不进化？”
“这不是我要的进化。”
“进化就是进化，你参加祭典就要进化。”
“这根本不是进化。”
“进化就是进化。”
“神奇宝贝的进化应该顺应自然，而不是这样被迫强行进化，这是在伤害别人，这根本就是错误的行为。”
妙蛙种子这番大逆不道的言论受到了妙蛙草们的谴责。
“大家好像在生气妙蛙种子的事耶。”
“怎么会这样啊？”
“因为牠的个性太倔强了。”
妙蛙花打算教训妙蛙种子，小智看到之后，以瞬移般的速度来到妙蛙种子身前，替牠接下了这记藤鞭后，对牠露出了笑脸。
看到突然闯入的小智一行人，妙蛙花发起责问。
“对不起，我们不应该擅自闯进来的，可是这只妙蛙种子，牠是我们的朋友，大家是不是因为妙蛙种子不愿意进化而在生气呢？”
妙娃草们点点头。
“如果因为牠，而让庆典有瑕疵的话，做为牠的朋友，我向大家道歉，是你们想想看，没有必要勉强牠，现在一定要进化，各位，我想要尊重妙蛙种子的心情，因为牠要怎么活下去，是牠个人的自由啊。”
“说的对。”
“个人的道路要个人选择。”
“所以我们选择邪恶之道。”
众人顺着声音向天上看去，火箭队他们又来了。
“人生不要走的太急躁。”
“多绕点路还是有收获的。”
“什么嘛？又是你们啦。”
火箭队对听到疑问词之后，一通标准开场之后，开始捕捉妙蛙花和妙蛙草。
他们总是那么的不看时宜，大伙一起使用落英缤纷，击飞了他们，而在此之后，小智的妙蛙种子也自己而然的进化了。
在小智高兴的时候，妙蛙花走了过来，小智本以为牠还在生妙蛙种子的，但事实却是，牠在与进化成妙蛙草的妙蛙种子心平气和的交流。
在一场辨论赛的时间之后，妙蛙花和小智的妙蛙草碰爪之后，便带着其他妙蛙草离开了。
而小智他们身后的木墙也散开了，就这样，只有一夜的不可思议花园结束了，小智他们与妙蛙花挥手告别后，继续旅行。