在喷火龙漂亮的打赢鸭嘴火龙后，小智获得了期待已久的深红徽章，而现在的小智三人正在码头上狂奔。
好不容易得到第七个徽章的小智，为了前往下一个道馆，他们终于要从红莲岛搭船出发了，但他们好像已经赶不上了。
“喂，不要丢下我们！”
“等一下！”
“那艘船等一下！”
“我们也要上船啊！”
三人从海滩向轮船跑去时，一旁的石头窜出一只神奇宝贝与小智相撞。
小智起身之后，与小刚一同将晕倒在地的卡咪龟扶起来。
“对不起喔，不要紧吧？”
“真是难得一见耶，这不是卡咪龟嘛。”
“卡咪龟？”
“叮，卡咪龟，龟神奇宝贝，是杰尼龟的进化型，那长毛覆盖的尾巴，被人们认为是长寿的象征。”
“噢，原来是这样。”
卡咪龟清醒后，开始不断比划，并一直诉说着，但牠因为太过着急，导致皮卡丘没能听懂牠的意思。
“牠在说什么啊？皮卡丘。”
皮卡丘摇头，然后跳起身，按了一下小智腰间的宝贝球，将杰尼龟喊了出来。
卡咪龟看到杰尼龟后，神奇略微轻松了微，立马与杰尼龟说清楚自己所遇到的情况。
杰尼龟听完之后感到诧异，询问卡咪龟情况是否属实，卡咪龟点点头，同时还对细节进行了补充。
“牠们到底在说什么啊？”
在完全了解情况后，杰尼龟点点头，从自己的壳中拿出一副墨镜。
“啊，那个不是杰尼龟队的太阳眼镜吗？”
“牠竟然还带在身上。”
杰尼龟戴好眼镜后，跳入海中，与卡咪龟一同朝一个地方游去。
“杰尼龟？”
“好像是发生什么事情了。”
“好，我们也跟进。”
三人找了木船，又找了三根绳子，让小霞的神奇宝贝充当动力，追着卡咪龟前进。
“他们要去哪里啊？”
“你看，前面有一座小岛。”
“真的耶。”
看着远方龟壳状的小岛，小智询问看地图的小刚。
“那是什么岛啊？”
“地图上没有这个岛。”
“哇，原来是地图上没有的岛啊，好，快点去。”
而在他们的后面，火箭队正开着暴鲤龙潜艇跟着他们。
“那些小鬼头经常不照计划的绕远路。”
“我又有发生好事的预感了。”
“快点追，快点追啊，喵。”
三人来到岛上，杰尼龟跟卡咪龟向森子跑去。
“等一下，杰尼龟。”
杰尼龟和卡咪龟停在林子边缘，杰尼龟和小智他们看着遍地龟壳，满脸震惊。
“啊？这是怎么回事？”
“这些都是杰尼龟跟卡咪龟。”
“该不会大家都……”
小刚跑在一个龟壳旁边，将耳朵贴在上面，仔细倾听。
听了一会后，小刚舒了一口气。
“没事，只是在睡觉。”
“在睡觉？”
卡咪龟急忙将几人带到一个巨大的龟壳面前。
“那个是……”
“叮，水箭龟，龟甲神奇宝贝，是卡咪龟的进化型，巨大的身体虽然没有速度的优势，但是力量惊人，坚硬的甲壳防御力特别，背上的水炮攻击力威力巨大无比。”
“果然是水箭龟没错耶，是真的，是真的，好耶，好耶。”
小智欢呼着跑向水箭龟。
“可是，牠们这是在做缩入龟壳的练习吗？”
小智将脸贴在水箭龟背上，抚摸着水箭龟的壳。
“我好想见你哦，水箭龟。”
小智用脸蹭着水箭龟的壳，蹭着蹭着，突然就睡着了。
“小智？”
“小智，你没问题吧？”
杰尼龟模仿小智，在水箭龟的壳上蹭了蹭后，也睡过去了。
“怎么搞的？连杰尼龟也……”
小刚拍着小智的脸，试图叫醒呼呼大睡的小智。
“小智，小智，喂，小智，小智。”
“叫不醒吗？”
“完全没用。”
“他到底是怎么回事啊？”
“我看所有的秘密可能就在那个水箭龟身上了。”
“嗯——皮卡丘，给大家提神一下吧。”
皮卡丘点点头，听从小霞的命令，用十万伏特，叫醒了小智和所有的龟。
“干什么啦？皮卡丘！”
“杰尼！杰尼！”
“哼，谁叫你居然在这种情况下睡大觉的。”
“啊，我都忘了。”
“好了，小智，你为什么要睡觉呢？”
“因为我听到水箭龟的内部传出了奇怪的声音，就突然很想睡，对吧，杰尼龟。”
“杰尼。”
“奇怪的声音？”
“就好像是从地狱底部响起来的声音耶。”
“咦。”
小智看向被电醒的杰尼龟和卡咪龟们。
“你们大家也有听到那个声音吧。”
“卡昧，卡昧。”
“杰尼，杰尼。”
“可是为什么会睡着呢？”
所有龟都摇头，表示不清楚。
“好，既然这样的话，我一定要解开这个谜题。”
“小智，你又来了。”
小智蹲下身子，与卡咪龟们平齐。
“我说你们喔，卡咪龟你是不是希望找人来救水箭龟。”
“卡昧，卡昧。”
杰尼龟也拍拍自己的胸脯。
“好，叫醒水箭龟大作战开始。”
来到火箭队这边，他们拿着望远镜观察着小智他们。
“躲在小鬼头背面的那个东西是水箭龟吧。”
“该不会那是稀少珍贵的神奇宝贝吧。”
“喵，我们已经好久没有这样顺利的想起了自己本来的目的了。”
“要是把水箭龟还有牠们都送给老大的话。”
“毫无疑问的，这次我们一定可以升官。”
回到小智这边，小刚开始对整个事情进行复盘。
“那么我们来温习一下故事好了，这座岛本来是龟神奇宝贝的圣地，以众龟之王水箭龟为中心，过着无忧无虑的日子，但是几天之前，水箭龟到海上去游泳以后，过了很久都没有回来，后来海水把火箭龟打到滩上，大家发现之后把牠拖上岸，就全部进入昏睡了，大叫一惊的卡咪龟出去找人救援，然后就不小心撞上我们，故事是不是这样子的呢。”
“听说杰尼龟的栖息地点还没有确定，不知道是不是就是这座岛。”
“在了解神奇宝贝的生态方面，我的兴趣是无止境的，好，现在我来做健康诊断了。”
小刚拿出听诊器，开始对水箭龟进行检查。
“小心一点哦。”
小刚听了一会后，满脸大汗。
“怎么样？”
“什么也听不见。”
“不会吧？”
突然水箭龟的壳开始发生震动，水箭龟醒过来，打了个哈欠，杰尼龟和卡咪龟们和欢呼雀跃。
“难道水箭龟只是睡着而已吗？”
水箭龟彻底清醒过来之后，牠口伸出牠背上的两根炮管，将一只圆滚滚，粉嫩嫩的神奇宝贝。
“那个是……”
“胖丁？”
而在这时，火箭队突然登场，他们开着暴鲤龙潜艇将水箭龟拖讲了海里，并用电缆直接将牠电晕了过去。
这次火箭队的动作非常的迅速，连开场白都没说，直接就动手了，这让卡咪龟和杰尼龟们都陷入了恐慌。
而在这时候，小智的杰尼龟站了出来，牠通过强而有力的言讲，稳住了局面，同时带领着卡咪龟和杰尼龟们开始水箭龟救援活动。
回到火箭队这边，将昏过去的水箭龟拉进潜艇后，他们就开始庆祝了。
“干杯。”
“这是最轻松的一次行动了。”
“因为这台机器暴鲤龙的力量。”
“喵，我们才可以随心所欲的做坏事。”
“征服水箭龟的人，就可以征服世界。”
“说的对。”
“太好了，喵。”
“但是还有一个问题。”
“喵，我听见了。”
“牠应该是属于谁的？对吧。”
“没错，水箭龟只有一只，谁来当牠的训练家，这是一个大问题，我看由我来收服牠吧。”
“不，由我来。”
“喵，我也要收服牠。”
两人一拳打在喵喵的头上。
“你是神奇宝贝耶。”
“少啰嗦，闪边去。”
就在这时候，被放在后备室的水箭龟醒了过来，牠立刻明白了自己现在的处境，一招冰冻拳直接将潜艇打出了个大洞，潜艇内瞬间的失压使火箭队几个感到难受，而倒灌进来的海水直接让几人感到窒息，难受的晕了过去。
就这样，原本是去救水箭龟的杰尼龟和卡咪龟们，变成了救差点被溺死的火箭队。
小智三人通过心肺复苏将火箭队几人唤醒。
“你们没事吧？”
火箭队看到小智几人，直接跳了开来。
“你们要干什么？”
“这是什么态度啊？是我们把你们救起来的耶。”
“那么怎么样啊？我们又没有拜托你们。”
小次郎有些礼貌，对几人表示感谢。
“虽然你们是敌人，不过干的好。”
武藏一拳打在他的头上。
“笨蛋，我们是坏蛋耶，恩将仇报才是我们的行规。”
“有没有人说你性格很坏啊。”
“没有人说过。”
武藏看了眼周围的杰尼龟和卡咪龟后，不知道哪来的自信，直接派出阿柏怪，而小次郎见此也派出了双弹瓦斯。
“擒贼先擒王，上吧，阿柏怪，使用猛撞攻击。”
“双弹瓦斯，使用高速旋转。”
看着迎面而来的敌人，水箭龟直接使用水炮将双弹瓦斯和阿柏怪连带着他们的训练家轰飞到了海里。
“太厉害了。”
在轰飞火箭队后，水箭龟将小智的杰尼龟叫了过去。
在一阵小智看不动的操作下，杰尼龟学会了冰冻拳，这让小智欢呼雀跃。
在向水箭龟道谢之后，小智几人乘坐小木船离开了小岛。
“大家再见，我会再来玩的。”
在不可思议神秘的龟神奇宝贝王国，经常了不可思议神秘体验的小智等人，开始向第八个徽章直线前进。