小智一行人受到大木博士的委托，要去拿回神秘的神奇宝贝球。
现在小刚和小霞正在一家超市外研究着前往橘子群岛的岱柑岛的路线，小智则在里面买东西。
“大海、蓝天、微风，以及美女，好棒，我要赶快到橘子群岛去，可是，现在的问题是，要用什么方法到岱柑到去呢？”
“那我们就选择一个最不花时间的方法去吧，利用剩下的时间，在度假地慢慢的享受，能够这样的话，就最好了。”
而这时，小智采购完东西，走了出来。
“买了这么多的话，我们就不用担心，在旅行当中会没食物吃了。”
“我们只是去岱柑岛耶，你以为会花上多少时间啊？”
“嗯……要一个月，或者是两个月吧。”
小刚指了指自己手中的旅行指南。
“那个距离，搭飞空艇去的话，一天就可以到了。”
“是这样子吗？我先联系一下大木博士。”
小智走进旁边的电话亭，与大木博士交流一翻后，带着小刚和小霞去搭车来到最近的机场。
分话两头，第二天上午，三人抵达了岱柑岛——常夏之岛。
“哎呦，好热哦。”
“你在说什么傻话啊？天气明明那么好。”
“我们去海边玩一下好不好？”
“先把事情办好了再说吧，小智。”
“哎，这样啊。”
画面一转，三人来到内木博士的研究地图。
“打搅了。”
“请问有没有人在啊？”
研究所内无人回应他们。
“没有人在吗？”
就在小智准备去打电话给大木博士的时候，地板上一个暗格被打开，从里面钻出个三胞胎，吓了小智他们一跳
“你们是客人吗？”
“请问有什么事？”
三人镇定下来，看向这三位小朋友。
“呃，不好意思，打扰了，请问内木博士在什么地方呃？”
“是这样的，是大木博士叫我们过来这的。”
“要找博士的话。”
“她在后面的海湾。”
“照顾神奇宝贝呢。”
“我们来带路了。”
几人来到研究所后面的海滩，发现一位韵味十足，穿着连体泳衣的大美女，正在给一只暴鲤龙进行口腔检查。
“那个是暴鲤龙？”
“太厉害了，她竟然能够让个性狂暴的暴鲤龙，那么的听话。”
“呃啊——，我也想接受她的检查。”
这时候，三胞胎向她喊话。
“博士。”
“大木博士派来的人。”
“已经到了。”
内木博士回到看向几人。
“啊，你们来了。”
说完，骑着暴鲤龙来到小智他们面前。
“你们好啊，我就是内木博士。”
画面一转，几人回到了研究所，换好衣服的内木向几人展示起，那个神秘的神奇宝贝球。
“这个就是那个神秘的神奇宝贝。”
“这个样子的神奇宝贝球……”
“由金色和银色组成的……”
“从来就没有见过这种类型的耶。”
“很不可思议吧，我是偶然间得到的，以前从来都没有看过这种。”
“诶？这是什么？这上头好像有字耶。”
“虽然不好辨认，但你看，那很像字母GS吧。”
“所以我称它为GS球。”
“GS球？”
“听说没有办法传送，是真的吗？”
“嗯，是这样。”
内木博士打开传送装置，上面的GS球纹丝不动，这让小智三人感到奇异。
“不光如此，GS球还无法打开，我们试过很多方法，用电锯、用铁锤、用撬棍、用钻头、用镭射枪，用什么方法对付这个神奇宝贝球都没有用，最后我想，这么奇特的东西，只有神奇宝贝的大学者，大木博士才能够处理，所以就请各位来了。”
内木博士将GS球交给小智之后，小智拨通了正在研究鲤鱼王为什么会电生气而进化的大木博士的电话。
“大木博士好。”
“喔，是小智啊，这次又有什么事啊？”
“博士，现在我已经在内木博士这里拿到GS球了，你看。”
“GS球？”
“这名字是我取的。”
“喔，是内木啊。”
“好久不见了，博士。”
“哎嗨，上一次你在神奇宝贝研究月刊上面发表的《神奇宝贝之地域差异与适应性的中间报告》实在是太精彩了，我全都拜读过了。”
“哪里，博士您写的那篇《神奇宝贝与人的共存问题探讨系列》我也是深深被吸引呢。”
“博士，这样子谈下去就没完没了了。”
“哈，说的也是，对不起啊；那么大木博士，剩下的就麻烦你了。”
“没问题，我尽力试试好了。”
画面一转，内木博士带几人参观起自己的庭院。
“这么大个地方都是庭院吗？”
“没错，为了正确的观察神奇宝贝的生态，必须要有这么大的地方才可以。”
就在这时，草丛中走出一只花瓣呈橘黄色，且带有圈圈花纹的霸王花。
“是霸王花耶。”
“可是花样和颜色，都跟图鉴上的霸王花不一样耶。”
而这时候，三胞胎推着一车的神奇宝贝饲料跑了过来，一声哨响之后，一群颜色奇异的神奇宝贝们都聚了过来，黄铜色的口呆花、红色的尼多利诺、更大的拉达……
“哇，这里其他的神奇宝贝也跟普通的不一样耶。”
“真是不可思议。”
“牠们是这个地方特有的品种吗？”
“你说的没错，这也是我的研究主题之一。”
“主题？”
内木博士蹲下身孑，抚摸着进食的尼多利诺。
“这里呢，是距离你们居住的城市，非常非常远的南方小岛，由于气候、风土环境的不同，神奇宝贝也有着微妙的差异，我就是实际在饲养，把神奇宝贝的差异记录成资料的。”
“那么这里的神奇宝贝，全是博士你一个人饲养的吗？”
“没错，这些神奇宝贝，都是我非常可爱的孩子呢。”
小刚看着内木博士，久久无语，他这一次不单纯是因别人的美色而喜欢上别人了。
“好棒喔，我也收服几只这座岛上的水系神奇宝贝回去好了。”
“说不定连皮卡丘也有南方小岛类型的呢。”
皮卡丘啃着饲料，疑惑的看向小智。
“皮卡丘，你怎么乱吃别人的东西啊？”
“呵呵呵，没关系，无所谓的。”
这时三胞胎中的大姐走了过来。
“那个……博士。”
“怎么了？”
大姐指了指树上的巴大蝴。
“又来了，真伤脑筋啊。”
“怎么了，博士？”
“这个孩子，牠一直都不太好好吃东西，有改变一下配方吗？”
“有啊，这是今天的配料表，给。”
内木博士接过配料表，同时端起饲料。
“嗯，配方上应该没有问题才对，颜色和气味也没问题，到问题是出在什么地方呢？”
小刚闻了闻饲料的味道，然后在众人诧异的目光中，拿起一块，细细品尝了一翻。
“我知道问题在那了。”
随后从背包中拿出几次捣药用的东西和几个树果，开始加工。
“你在做什么呀？”
“像那种按照资料，只考虑营养的食物，是根本没有办法满足神奇宝贝的。”
“啊？”
“口味，口味啊，我们吃东西也有好吃跟难吃之分痳。”
“话是这么说没错，可是你能够了解神奇宝贝喜欢的口味吗？”
“这个你等一下看了就知道了，好，完成了。”
小刚将调配好的佐料撒在原先的饲料上，原本不吃嗟来之食的巴大蝴，立刻飞下来，开始狼吞虎咽。
“哇，好厉害哦。”
“真的是这样耶，。”
“巴大蝴比较喜欢吃甜的东西，所以呢，我就把带有甜味的树果多掺杂了一些进去。”
“看你这样，我实在有些惭愧，身为研究者，我却没有向你那样的替神奇宝贝着想。”
“当然了，毕竟，小刚可是以成为世界第一的饲育家为目标的呢。”
听到小智的夸奖，小刚不好意思的挠挠头。
“原来如此。”
三胞胎中的两位妹妹围在小刚身边，拜托他将神奇宝贝喜欢的口味这一知识交给她们。
小刚答应她们，有时间的话，自己会交她们的。
时间很快来到了晚上，众人回到研究所，吃完小刚做的晚饭后，小智和小霞去准备休息，而内木博士则说她晚上要带着三胞胎去观察霸王花，小智来了兴致，便同小刚一起跟了上起。
画面一转，几人躲藏在一处草丛中，三胞正在用录像机录影，而内木博士正在做着笔记，而她拍摄的对象则是一群聚在一起播撒着花粉的霸王花。
“博士，牠们这是在干什么啊？”
“这些孩子是夜行性的，到了晚上就会这样，在地盘上播撒花粉，来警告别的神奇宝贝。”
在记录后这一现象后，众人回到研究所休息。
第二天早，小智和小霞准备离开研究所。
“再见，内木博士。”
“下次我们会来看水系神奇宝贝的。”
“好啊，期待你们的光临喽。”
“对了，小刚人呢？”
“他不是去上厕所了吗？”
这时候，小刚拎着一大袋居家用品走了过来，并告诉小智，他已经和内木博士说好了，他准备留下来当助理。
“啊？小刚，这到底是怎么回事啊？”
“留在这个地方，可以看到好多神奇宝贝的新面貌，身为训练家以及饲育家，这个地方对我的修行非常的有帮助，能让我发现我原有的知识的不足之处。”
“是吗？那么再见了。”
小智伸手与小刚碰拳。
“你也要加油哦，小智。”
就这样，小智与小霞在同小刚告别之后，踏上了返回真新镇的旅途。