由于之前日本人偷袭旅顺港并没有达成预想的效果，为了拿到制海权保障陆上作战的成功，日本人还要想办法消灭俄罗斯远东太平洋舰队。
这边日本人绞尽脑汁想办法解决俄国舰队，那边沙皇尼古拉二世则开始开始调兵遣将。沙皇任命库罗帕特金为远东陆军总司令，负责指挥俄军陆上作战。3月12日库罗帕特金离开圣彼得堡启程赴任，3月28日到达哈尔滨。
海军方面，则是通过远洋电报任命已经带领舰队和运输船队回到旅顺的斯捷潘·奥西波维奇·马卡洛夫海军中将接替斯塔克海军中将，指挥俄罗斯远东太平洋舰队。
斯捷潘·奥西波维奇·马卡洛夫海军中将是当时沙皇尼古拉二世能想到的最好的人选，除了是一位出色的海军将领，马卡洛夫还是科学家、海洋学家、极地探险家。
从波罗的海造船厂过来的工人，开始修理受损的“列特维赞号”和“皇太子号”战列舰。俄国人在受损舰只周围建起围堰代替干船坞，让工人能够修复吃水线下方的大洞。
马卡洛夫接手后，把最近修好的“彼得大帝号”战列舰作为他的旗舰，巡洋舰，随后派出“阿斯科利德号”巡洋舰带领驱逐舰队前去搜寻日本舰队。
1904年3月10日上午，封锁旅顺港的日本舰队遭到俄国军舰的袭击，让日本人吃惊不小，战斗民族敢于出来挑战了。这个时候日本正准备大规模在朝鲜半岛登陆，必须立马消除俄罗斯海军的威胁。
战争开始的时候，双方都准备了大量的鱼雷，但是开战以来鱼雷的表现并不如人意，于是日本给他们的鱼雷驱逐舰派了一个新的用途，夜里让他们去布设水雷。日本人的举动被俄国人看了个一清二楚，于是白天涨潮的时候，俄国人会过来，用钩子把日本布下的水雷捞起来。
日本人通常把水雷布设到水面以下3米的地方，不过有时候系留水雷的重物会沉到海底的淤泥里，带着水雷去到更深的地方。另外海底也不平，实际布下的水雷高度根本没法做到精确。
旅顺港外的潮汐有6米高，这样落潮的时候水面以下3米的水雷，涨潮的时候就会“沉到”水面以下9米的地方了。涨潮的时候大部分舰船可以安全通过雷区出航，不过回来赶上退潮，那结果就大不一样了。
这片海域天气恶劣也是出了名的，让大量的水雷随波逐流，增加了复杂性，也让后来的海战充满戏剧性。
见旅顺港内的俄国人有了新的变化，敢于出来迎战了，日本人想出来一个新计策。3月10日夜，日本人派了四艘驱逐舰前往旅顺港外诱敌，果然六艘俄罗斯驱逐舰出港来战。
见俄国军舰出来了，日本舰队向老铁山方向后撤引诱俄舰追击，同时另一支小舰队前往港口附近打算布设水雷。岸上俄国瞭望哨发现了下面的日本驱逐舰，立即开炮，计划败露的日本人只好放弃行动退回公海。
追出去十几公里的俄罗斯驱逐舰听到后面的炮声掉头回返，日本驱逐舰回过头来追击，交战中一发日本炮弹击中俄罗斯驱逐舰守卫号的锅炉，守卫号失去控制开始打转。日本驱逐舰集中火力打击俄国驱逐舰“守卫号”，把“守卫号”打成一片废墟，舰上的人非死即伤。
见俄国驱逐舰失去抵抗能力，日本驱逐舰“漣号”放下快艇，载着舰员登上受损的俄罗斯驱逐舰“守卫号上。日本船员把打得破烂的白蓝相间的俄罗斯海军军旗扯了下来，换上日本的旭日旗，准备把“守卫号”作为战利品拖回去。
但是刚好这个时候天已经亮了，旅顺港内的万吨级大型装甲巡洋舰“巴扬号”和“诺维克号”小心翼翼地驶出遍布水雷的港口前来救援“守卫号”。见到旅顺港内的俄国人出动了大型巡洋舰，日本驱逐舰赶紧切断缆绳放弃“守卫号”撤离，在此之后“守卫号”驱逐舰迅速的沉没了。
接手远东舰队的马卡洛夫海军上将对俄国海军远东舰队的战斗力非常不满意，上任后马上开始严格训练，渐渐的旅顺港内的俄军能力有了明显的提升，现在整个舰队可以在两三个小时内离开港口，舰队也敢于出海。同时还修建了新的海岸炮台工事，建立了海军的火炮引导小组，引导战列舰向敌人间接射击，士气也前所未有地高涨。
而在3月22日，日本联合舰队的战列舰“富士号”和“八岛号”按照惯例向旅顺港内的俄国军舰进行间接射击，惊讶地发现周围居然有炮弹落下，这是俄罗斯海军炮火支援小组正在发挥作用，引导着俄国得战列舰和海岸炮台进行射击。
这种情况瞬间让日本人大吃一惊，更让日本人吃惊的是，飘扬着马卡洛夫帅旗的“彼得大帝号”战列舰和“阿斯科尔德号”巡洋舰率领着旅顺港内的俄罗斯舰队，出港迎战来了。
首先出战的是1旗舰“彼得大帝号”战列舰和“阿斯科利德号”巡洋舰、“诺维克号”巡洋舰和“狄安娜号”巡洋舰以及大型装甲巡洋舰“巴扬号”，同时港内剩余的俄军战列舰也开始升火，很快“彼得罗巴甫洛夫斯克号”和“波尔塔瓦号”战列舰这俩也一起紧跟着驶出了港口，后面则是跟着一群大小军舰。而仍在港内维修的“列特维赞号”和“皇太子号”战列舰，则在海军火炮射击小组的引导下使用各自的12英寸305毫米口径巨炮进行间接炮火射击。
见到此情形，兵力处于劣势的日军舰队迅速选择了退出战斗，而这个时候马卡洛夫也未追赶。马卡洛夫虽然加紧练兵，但他自己也明白以眼下的能力俄罗斯远东舰队在开放的海面上还斗不过日军，最好还是在海岸重炮的保护下，同日军进行小规模战斗取得经验和提高，练好了再出去较量不迟。
马卡洛夫的策略和进步让东乡平八郎如坐针毡，日军正在加紧在朝鲜半岛登陆北上鸭绿江，实力尚在的俄国远东舰队必须及早解决掉，于是第二次旅顺港闭塞作战又提上了日程。
这一次日本准备的四艘旧船“千代丸”号、“福井丸”号、“弥彦丸”号和“米山丸”号的排水量在钧在2000吨-3000吨之间，比上一次旅顺港闭塞作战的沉船要大一些。每艘船都用水泥和石块压载，配备了可靠的引爆系统。有马良橘亲自上阵，带领有过第一次闭塞作战经验的官兵再次出击。
3月26日的晚上，日军第一战队和第三战队的战舰列队欢送“千代丸”号、“福井丸”号、“弥彦丸”号和“米山丸”号四艘旧轮船出战，四艘船以10节的速度穿过两队日军的舰列，在驱逐舰和鱼雷艇的护航下出发。月亮在午夜时分落下，海面平静，笼罩着一层薄雾。
3月27日的凌晨2点30分，护航舰艇驱逐舰和鱼雷艇离开，“千代丸”号、“福井丸”号、“弥彦丸”号和“米山丸”号四艘旧轮船排成一列前往港口入口。3月27日的凌晨3点30分，距离目的地旅顺港外口还剩大约5公里的时候，打头的“千代丸”号被俄军海岸炮台发现。瞬间，岸上各处几十盏大功率的探照灯照向“千代丸”号，俄军海岸炮台开始开炮阻止日本轮船的前进。
有马良橘指挥着“千代丸号”冒着俄罗斯的炮火继续往前冲，突然眩光中，有马良橘看到了俄罗斯驱逐舰“猛烈号”就在前方，下意识地转向迎向“猛烈号”，就在此时对面的“猛烈号”驱逐舰发射的2枚鱼雷击中了“千代丸”号闭塞船，只听见“轰”的一声巨响，“千代丸”号闭塞船迅速的消失在了海面之上。
后面的船被大功率探照灯照得什么都看不清，不清楚千“千代丸”号为什么转向后怎么突然就沉了。接着“猛烈号”驱逐舰发射的鱼雷命中了第二艘闭塞船“福井丸”号，船上自沉用的炸药殉爆，“轰”的一声巨响后，“福井丸”号也迅速的沉没了。
船上带队的广濑武夫海军少佐战死，日后日本方面将广濑武夫奉为军神。第三艘闭塞船“弥彦丸”很快也被击沉，迟到了十分钟的第四艘船“米山丸”号走的最远到达航道中央，自沉的同时也被鱼雷击中，沉没于航道的左岸。
担任护航接应任务的日本驱逐舰跟港外巡逻的两艘俄国驱逐舰展开了激烈的战斗，“猛烈号”驱逐舰的锅炉被击中，舰上水兵7人战死，13人受伤，船只搁浅，但是完成了保卫港口的任务。日军则是包括广濑武夫在内2名军官阵亡、11人受伤，整个闭塞船队全灭。
天亮之后旅顺港内的俄军战舰继续出港活动，大型装甲巡洋舰“巴扬号”、巡洋舰“诺维克号”随同“胜利号”、“波尔塔瓦号”、“彼得罗巴甫洛夫斯克”号战列舰出港，日军的第二次阻塞作战再次失败，日本人还是没办法堵住旅顺港的俄国舰队。
几次行动下来，日本人也发现了一个规律：如果联合舰队军舰接近旅顺港，俄国军舰就会出来，在海岸重炮的掩护下跟日本人对战。于是日本人将计就计拟定了一个计划，先派驱逐舰去旅顺港外面的海湾布雷，如果敌舰出来了，就撤退引诱俄国舰队同日本的主力舰队交战。
日本抢购的两艘装甲巡洋舰“春日号、“日进”号也加入到战斗序列，“六六舰队”实力增强成为“六八舰队”，此刻正是实力对比最有利于日本的时候。
时间到了4月12日晚上，日本驱逐舰趁着夜色前去旅顺港外布雷。夜暗中俄国观察哨发现了这些驱逐舰，但是看不清是日本的，还是自己派出去巡逻侦察的驱逐舰。报告给马卡洛夫后，马卡洛夫命令搞不清情况先不要开火，只是记下发现驱逐舰的位置，计划第二天派军舰过去扫雷。
4月13日早上，巡逻回来的两艘俄国驱逐舰，遭到担任警戒任务的四艘日本驱逐舰的拦截。处于优势的日方重创了俄舰“可怖号”，随后万吨级大型装甲巡洋舰“巴扬号”杀出港来支援“可怖号”，日军驱逐舰见状后撤，当晚7点左右“可怖号”沉没。
于是“巴扬号”开始同在港外游弋的出羽重远率领的日本第三战队交战，随后马卡洛夫亲自带领3艘战列舰、3艘巡洋舰以及9艘驱逐舰出港迎战，支援“巴扬号”。马卡洛夫想起前一天晚上的事儿，下令在港口入口处扫雷，不过这个命令并没有被很好地执行，随后则是酿成了大祸。.