6月17日下午七点，日军第2舰队接到了浦盐舰队出现在隐歧岛附近的通报，但同时又收到了对马岛东北传出炮声的消息，因此依旧按计划前往郁陵岛待敌。
6月18日早晨，天气晴朗，郁陵岛附近并未发现敌踪。下午四点，上村下令停止搜索返回对马岛。不久，上村才获悉浦盐舰队击沉“常陆丸”“佐渡丸”“和泉丸”后经隐歧岛、北海道南回港的情报。第2舰队非常沮丧，19日上午八点二十分回到了对马岛。
上村谚之丞立即将事情经过向伊东祐亨进行了汇报，随后收到了伊集院拍来的电报：“本次针对浦盐舰队的出击，你的处置在海军内外部造成了判断失误的印象，相关当事人和报纸提出了质疑和非难，希望你不要因此而产生顾虑，更要采取积极行动消除影响。”
日本国内因这次事件出现了巨大的骚动，国民把不安和批判发泄到了海军特别是第2舰队头上。
俄军的浦盐舰队袭击运输船的时候，山口、福冈、佐贺、长崎等沿海地区都听到了炮声，陆续逃回来的渔船带来了俄国舰队来袭的消息。600年前，九州北岸曾闹过“元寇”，现在则是“俄寇”了，佐贺县唐津组织了市民大刀队，通往朝鲜半岛的航路也被临时关闭。
当天，详细的受害情况尚未统计出来，报纸上只说是日本舰队正在迎击并相信能取得大胜，然而严酷的现实令国民和报社感到震惊。冲之岛的运输船损失如下：
和泉丸：死亡7人，被俘105人，其中23人被释放；
常陆丸：死亡1063人，获救189人；
佐渡丸：战死414人，溺死259人，被俘22人，获救553人。
总计死亡1743人，被俘121人，还有东北地方的小船损失。而俄国方面毫发无损。
6月18日在日英文报纸首先发表了各式各样的评论，大多认为日本海军疏忽大意，日本的海上通道受到威胁等。日本的报纸也跟着批评，19日的《东京日日新闻》社论说：“常陆丸和佐渡丸的遭遇举国痛惜，这是开战以来最大的憾事。”社论还指出海军对浦盐舰队的戒备太不充分，对于运输船没有安排一艘军舰护航，在这片海域巡逻的舰只形同虚设，并质疑当局者的做法。连同前次的“金州丸”事件，第2舰队都没有截住俄舰，为此也遭到了批判，甚至海军的制海权也遭到了质疑。
19日上午九点，宪政党议员加藤政之助、大津淳一郎、大石龙吉拜访了山本海相，询问有关安全运送士兵的问题，山本做出了回复：“第2舰队的任务是警戒日本与大陆间的航路，切断俄国浦盐舰队和旅顺口舰队的联络，护送小型运输船队将干扰任务的执行，影响国家大事。
第2舰队追踪了近40海里，最后因浓雾而放弃，其错判敌舰的逃脱路线确实令人遗憾；大规模运送陆军一定会采取护航手段，但海军实在缺乏多余的军力护航零星的小规模运送，海军的行动必须遵从大局，并在此基础上尽力警戒。”
对于山本的回应，报纸仍旧不依不饶，《东京日日新闻》继续质疑：既然第2舰队的任务是阻止浦盐舰队，那为什么既不知道敌舰来袭，也不知敌舰去向？那么当初设立这支舰队的初衷岂不是落空了？
海军当局说其它国家的海军也不能面面俱到，那日本国民就应该为此担惊受怕吗？以它国失败的历史为自己推托责任是可耻的！言下之意是要追究相关责任人。报纸的论调也代表了陆军的不安和不满。
但海军方面也很无奈，海军已全力投入战斗，确实缺乏全面护航的余力，也缺乏攻击符拉迪沃斯托克消灭敌舰的战力，在这种情况下要找人出来承担责任显然会严重打击海军官兵的士气。海军方面想尽办法平息舆论，最后报纸总算登载了“上村谚之丞立为搜寻敌舰而四昼夜不眠”的新闻，才使得“冲之岛事件”平息了下来。
旅顺口的太平洋舰队则和浦盐舰队的骚扰战术不同，采取了出击的战法。之前太平洋舰队一直“蜗居”在港内防卫，阿列克谢耶夫在得知了浦盐舰队游击战取得战果并安然返航后，立即给维特吉福特下达指令，舰队全力出击以打破日军封锁旅顺口的企图。维特吉福特于20日回电，因扫雷需要，舰队将于23日满潮时出动。同时向舰队下达了袭击内长山列岛日本联合舰队根据地的命令。
6月23日凌晨四点，太平洋舰队主力离开旅顺口，开始行动。日军联合舰队主力确实集结在内长山列岛，还有一部分在旅顺口港外监视。上午八点二十分，“八云”号发回“俄舰队已向港外出动”的通报，东乡平八郎立即命令舰队全部出击。
大约有31艘俄舰在港外泊地集合后，下午两点，驶向外海，行进顺序是6艘扫雷艇、2艘汽轮、4艘驱逐舰、2艘鱼雷巡洋舰、7艘驱逐舰、3艘巡洋舰、6艘战列舰及1艘巡洋舰。
日第1、4驱逐舰队、第14鱼雷艇队故意接近扫雷艇，将其诱往南方。
维特吉福特在旗舰“塞瓦斯托波尔”号战列舰上，下午四点四十分，他命令扫雷艇和4艘驱逐舰返航，随后舰队排成单纵列，以十节的速度行进。联合舰队主力发现俄舰队位于偶岩西北约8海里处，俄舰队也在同一时间发现了日本舰队。东乡下令鱼雷艇和驱逐舰准备执行夜袭，六点二十五分，下令全舰队保持14节的航速，同时“三笠”号旗舰挂出了“皇国兴废在此一举各舰奋勇前进”的信号旗。
而维特吉福特似乎并无“决战”的意思，六点半，当双方距离约14000米时，俄舰队向右转向，联合舰队则向左转向并出头在前，两舰队几乎是同向航行。
夕阳斜照，两舰队映衬在海天之间的一片血色中。
维特吉福特在确认了联合舰队的阵容后，立即做出了“形势判断”：一，己方并未占据有利位置；二，敌人拥有“精锐快速的巡洋舰”和“数量众多的驱逐舰及鱼雷艇”；三，敌将会采用夜袭手段。因此得出的结论是不适宜进行决战。
六点五十分，维特吉福特下令返回港外泊地，舰队开始掉头。同时间东乡平八郎也开始下令舰队向右掉头，以横队形追击俄舰队。接近日落时分，驱逐舰和鱼雷艇受命继续追击，主力则向南撤离。
海面陷入黑暗中，日舰像狼群一样扑向俄舰。然而，从晚上八点二十七分至翌日凌晨三点三十五分，反复的鱼雷夜袭毫无收效，一发也没有命中。
双方的损失都很轻微，“塞瓦斯托波尔”号战列舰触雷出现一个小破孔，仅一名水兵受轻伤，日方夜袭部队则阵亡三人、负伤五人。
阿列克谢耶夫在得知情况后，对参谋长吉林斯基叹道：“我们的舰队出去散了数十海里的步！”
斯科尔伊多夫根据维特吉福特的报告，认为日本联合舰队的大部分都集结在旅顺口，，虽有第2舰队担任警戒，但其重点是朝鲜半岛东岸，日本海海域依然是“真空”状态，因此，在“决战未果”的四天后，斯科尔伊多夫命令埃森少将的舰队再次出动。
埃森少将亲自坐镇旗舰大型装甲巡洋舰“俄罗斯”号，率领大型装甲巡洋舰“格罗姆鲍伊”号、“留里克”号、“埃内特.居伊”号、和一等巡洋舰“莱纳”号和8艘鱼雷艇出击。
6月30日凌晨两点，埃森舰队抵达元山海面，侦察过后，鱼雷艇进入港内，从五点半至六点四十分，一共向市内发射了近180发炮弹，造成了35间民房受损，其中2户起火，两人受轻伤。接着鱼雷艇队转向了港内的小型蒸汽机船“幸运丸”和帆船“清涉丸”，洗劫了船上的粮食、钱财、文书和食品后，击沉了它们。
埃森舰队于上午七点二十分离开元山。七点半，第2舰队接获了元山遭袭的消息。消息是元山的副领事大木安之助急电外务省后，再通过军令部转给上村的。第2舰队正憋着一口气，接到消息后立即出动。
下午日本联合舰队司令官东乡平八郎发来指示：浦盐舰队虽在元山出现，但若没有掌握其确切行踪，切忌行动过远，第2舰队仍需以封锁对马、朝鲜海峡为第一要务！
七点，第2舰队继续航行，其消灭俄舰队的决心并未改变。
此时，埃森舰队中的“莱纳”号和鱼雷艇队已经返航，三艘巡洋舰则继续南下。7月1日上午七点多，第2舰队在冲之岛北方转向前往对马海峡，这个转向是根据之前浦盐舰队的行动推断的。下午三点，舰队接到转送来的元山副领事的电报，称埃森舰队似乎正在北行。
正当以为目标又失去的时候，六点十四分，在对马附近，“出云”号装甲巡洋舰的无线电收到舰队以外的波长信号干扰，这令上村和参谋长加藤友三郎紧张了起来，六点三十五分，东偏北的水平线上出现煤烟，五分钟后，发现了埃森舰队三艘军舰的影子。加藤立即发出了“航向北东”的指令。
此时，双方的距离约有22公里，第2舰队看到浦盐舰队正南下对马海峡，便决定从右侧迂回，从冲之岛方向压迫过去并阻断其退路。俄军舰队也已发现了第2舰队，贝索布拉索夫感到有些意外，因为根据事先情报，第2舰队应该在朝鲜海峡游弋，所以他才决定到对马海峡和巨济岛一带活动。发现第2舰队后，埃森认定情报有误，立即左转撤退，航速为18节。
第2战队的速度为17节，后续第4战队的速度为15节。在发觉俄舰提速后，“出云”号也提速至19节，并向对马岛方向开炮警示，俄舰也提高了速度，双方的距离始终没有被拉近。
在埃森舰队的退路上，竹敷要港部所属的第17、18鱼雷艇队正在巡逻。晚上八点十二分，第17鱼雷艇队发现从南方驶来的俄舰，同时俄舰也发现了日舰，在四千米到五千米的距离上打开探照灯并开始炮击。
鱼雷艇队队长下村亮太郎认为四周仍然很亮，不适宜进行袭击，便向西避退，以待日落。第18鱼雷艇队发现俄舰并接近到约2000米距离时，被探照灯捕获，队长斋藤半六向右转舵准备绕到殿后的“留里克”号背后去。第2舰队根据探照灯和炮击确定了俄舰位置，全速追了上来。
到了八点五十分，俄军舰队判断已击退鱼雷艇队，关闭了探照灯，消失在黑暗中。
上村推测俄舰的撤退路线是东北方向，但追了一个小时并未发现敌踪。加藤认为俄舰利用黑暗急转了航路，应是先向东再伺机回到对马海峡，所以第2舰队掉转了方向回头。而实际上浦盐舰队在向东北方向撤退，第2舰队再次跟丢。
日军第17鱼雷艇队在天黑后向东北方向追去，结果也未能发现俄舰。第18鱼雷艇队由于速度不济，到晚上十一点，在距离冲之岛东北约26海里处，也看不见俄舰了。埃森舰队于翌日上午九点俘虏了京釜铁道会社雇佣的英国商船“切尔登海姆”号，该船装载着铁路用木材，正从小樽驶往釜山。7月3日，浦盐舰队归港。
对于联合舰队第2舰队的这次失手，日本舆论倒是比较安静，也许是因为受袭的地方是元山、损失不大、被俘的商船是英国船的缘故，报纸只是期待第2舰队能够“复仇”，并未进行责难。这或许也是因为当时舆论焦点都集中在满州军总司令部的出征上了。
日军满州军总司令部历经“曲折”终于启动了，6月30日，发布了第4军编成和满州军总司令部战斗序列，第1军辖近卫、第2、第师团12师团，第2军辖第3师团、第4师团、第6师团，第3军辖第1师团、第9师团、第11师团，任命野津道贯大将为第4军司令，辖第5师团、第10师团。
陆军对俄的基本战略是第一军驻朝鲜，第二军驻辽东半岛，第四军处于中间向满州中部挺进，第三军攻占旅顺口。各军另配备附属部队，特别是第三军附属部队占了总兵力的三分之一。
明治天皇召见了日满州军总司令大山岩、总参谋长儿玉源太郎和第四军司令野津道贯，并赐大山马车一辆、輓马两匹、赐儿玉和野津战马各一匹，皇后赐大山和儿玉银制烟盒一个、卷烟千支，皇太子嘉仁亲王赐大山手表一块。
首相桂太郎在“红叶馆”设晚宴为满州军总司令部和参谋本部有关将领送行。相对于海军，满州陆军的进展非常顺利，第三军的侦察部队已经抵近到旅顺口东方约18公里的地方。俄军则采取固守待援的方针，偶尔展开反击。
日军各地报纸已登载出“即将攻陷旅顺”的报道，东京市内许多团体已经在计划举行“告捷大会”了，警视厅则开始制定维持秩序的方案。
1904年的7月6日，日军满州军总司令部在盛大的欢送仪式中出发，东京市内家家户户悬挂国旗，参谋本部至新桥车站的沿途一早就挤满了前来送行的人，芝区的街道上准备了“提灯”，欢送团队举着国旗站在车站口。
到上午十点，新桥车站广场陷入了旗帜、帽子和遮阳伞的“海洋”中。车站里，宫廷使者、首相、阁僚、议员云集，警察忙着维持秩序，驱赶着那些不体面的人。当大山的马车来到车站，“板载”之声响成云霄，一行人在站台上整齐排列的数千人的目送下登上了列车，列车驶出了站台。
7月8日上午列车抵达广岛，一路上众人不停地接受欢送人们的致意，酒、明信片、点心等礼物堆满了两节车厢，让人感觉不出这到底是出征还是凯旋了。
7月10日下午，野津道贯乘“讃岐丸”离开宇品港；四点十分，大山岩乘坐的“安芸丸”也出发了。
7月11日上午，在六连岛海域，第2舰队“浪速”、“对马”两舰前来护航。十点，在冲之岛南方，第2舰队司令上村亲率第2战队前来送行，直到下午四点才返回。当夜，细雨濛濛，视线很差。
7月13日早上，“安芸丸”号在白翎岛与第6战队“明石”、“须磨”汇合，于下午五点抵达联合舰队基地，东乡前来迎接问候。“安芸丸”出发，于正午抵达大连。大山上岸后，前往市长官舍，那是在日清战争时曾经来过的地方，大山在日记中记录了对市容变化的感概：“十年前，大连尚是一寒村，俄国占领以后已形成了大城市的基础，现在却成了我们的占领地！”
而在同一天，斯科尔伊多夫下令埃森少将的舰队出击，埃森少将率5艘大型装甲巡洋舰前往日本太平洋沿岸，准备伺机破坏通航阻止运兵，目的地是日本的横滨港。.