小智等人在漫长的旅行之后，所来到的地方，是看起来有些破败的城市，黑云市。
湛蓝的天空被黑色的工业废气所遮挡，从海面吹来的风，闻起来带着臭泥的气息，影响路过的心情，不过这次的故事，就是从这里开始的。
“这个地方工厂林立，可是怎么看起来冷冷清清的？”
“这里好像叫做黑云市耶。”
“黑云市？没听说过。”
“听说这里以前，因为到处是工厂，所以很繁华喔。”
“也正是因为这个，所以天空和大海都受到了污染，黑云市便变得没落起来了。”
“看来这里不大可能有神奇宝贝存在了。”
皮卡丘因不适应环境的原因，开始控制不住的对“漏电”，并表现出类似重感冒的症状。
“皮卡丘，你怎么了？”
皮卡丘难受的昏倒在地上。
“啊？皮卡丘，你振作起来一点啊。”
小智将不停冒着电的皮卡丘抱去，按着城市地图的指示，向着神奇宝贝中心狂奔。
“皮卡丘，你振作一点，不要担心，我现在就带你去神奇宝贝中心。”
三人跑进神奇宝贝中心后，路上的井盖被掀开了，喵喵从下水道内爬了出来。
“他们真的跑到神奇宝贝中了耶，喵。”
听到喵喵的话，下水道中传来两道声音。
“为了防止世界被破坏。”
“为了守护世界的和平。”
小次郎与武藏想说完开场白，但下水道的气味不允许。
“呕。”
“哎呀！再也受不了，这是什么臭味嘛，真是恶心死了！”
听着两人的抱怨，喵喵拿出几件准备，丢了下去。
“装上我准备好的潜水服吧，我会用电帮浦送入新鲜的空气给你们的，喵。”
“啊~又活过来了。”
“你有这种好东西，干嘛不早说啊？”
“你这个笨蛋。”
“你们两个不要再报怨了，快点潜入那臭泥水里面去，喵，再从那里潜入神奇宝贝中心，再来该怎么做就知道了吧，喵。”
“开什么玩笑！你这是什么自大的态度啊。”
“我们是可爱又迷人的反派角色诶，就算是为了得到全世界独一无二的皮卡丘，要我们潜入臭泥海，不干！”
“对，说的对，这种事情我绝对不干，不干，哼！”
听到这话，喵喵笑了笑，拿出一个遥控器按了一下，小次郎和武藏所穿的潜水服便开始电击二人。
“你们不听话就会这样，喵。”
二人无奈，只好潜入臭泥海。
“可恶，你给我记住。”
“今天让你得逞，下一次你就没机会了。”
回到小智这边，在发现前台没人后，一直在那按着传叫钤。
“有人在吗？有没有人在啊？”
被吵醒的乔伊小姐，伸着懒腰，从休息室里走了出来。
“哎~嗯，真受不了耶，你不知道现在几点钟吗？普通好孩子呀，这个时候都已经睡觉了。”
“对不起噢，我的皮卡丘的情况，有点不对劲。”
“啊~大概是感冒吧。”
“你仔细的看看啊，它是我最重要的神奇宝贝耶，你的姐妹家都很照顾神奇宝贝的。”
乔伊小姐又打了个哈欠。
“不要急，不要急，你看，皮卡丘在昏迷后，脸颊的电囊还有放电出来呢，这个是电气鼠神奇宝贝感冒后的初期症状，只要让它在这里待一个晚上，很快就治好了。”
“我说……”
“嗯？”
“我想要说的是，有人跟我说，你是乔伊众姐妹中最怪的一个。”
“嗯哼~，不对，她们才是奇怪的呢。”
画面转到大海，臭泥怪（臭泥）们成群结队钻进一处吸水口。
这时一间水力发电站内，负责看护发电厂核心的两个值班人员，突然感到气氛有些古怪，果然没一会，站内停电了。
“这是怎么了？”
“糟糕了，发电机已经停止了，海水的吸取口，好像被阻塞起来了。”
“啊！怎么会这样？”
画面来到喵喵这边，它这里也出现了状况。
“喵！糟糕了，使用的电力怎么突然停止了，帮浦要是停止的话，就没有办法送空气过去了，这表示说……我不知道怎么办啊，喵。”
想到小次郎和武藏的下场，喵喵满头大汗。
而潜入臭泥水中，游向神奇宝贝中心的武藏和小次郎突然感到呼吸困难。
回到小智这边，神奇宝贝中心也停电了，乔伊将三人带到医疗室中，
小智看着这些躺在奇怪装置中睡眠中的神奇宝贝。
“这些神奇宝贝是？”
“是正在接受治疗仓治疗的神奇宝贝们，电力再不快点恢复的话，这些神奇宝贝也会有危险的。”
“你说什么？这下不就遭了吗？”
“得快点想办法呀。”
“最快的办法就是让发电厂重新恢复运行，可是……”
“好，我们赶快走。”
三人在前往发电厂的途中，遇到了君莎小姐。
“我正在调查，可是发电厂那边一直没有回答。”
“没有回答？”
三人跟君莎小姐继续向发电厂跑去。
画面来到喵喵这边，它在一处巷道的排水口处，将武藏和小次郎救了上来，两个正在大口呼吸着空气。
“啊……差点以为我要死掉了。”
“我也没有办法呀，谁知道会忽悠停电呢，喵。”
“竟然突然的停电了，这个城市到底怎么搞的。”
而这时，喵喵看小智一行人，从自己的眼前一闪而过。
“那是……霉运换来好运，现在停电，正是获得皮卡丘的好机会耶，喵，快来吧，武藏，小次郎，该去工作了，喵。”
“你让我喘口气会死啊你，我们差点淹死在下水道的臭泥里了耶，你知道吗，啊？”
“就是呀，是臭泥，臭泥耶。”
“别担心，这一次我有秘密武器，你们放心吧，喵。”
回到小智这边，小智三人来到了发电厂——君莎小姐因为要维护治安，中途跟他们分开了。
“这里就是发电厂。”
“我们快点进去叩。”
小智推开门。
“有人在吗？有没有人在里面啊？”
发电厂内无人回应，三人小心的开始探索。
“我猜，这里应该是有员工，在某个地方管理的吧。”
“那个地方看起来，像中央控制室耶。”
三人向控制室前进的时候，小霞感觉身后有东西飘过，吓了她一跳
“好像有东西在跟着我们耶。”
“嗯？没看到了啊，太概是过敏啦。”
“真的啦，我真的有感觉到，有东西跟着我们耶。”
“你啊，就是害怕过度，才会感觉到不存在的东西，真是的，紧要关头你就没胆了。”
“你说什么，我根本就不是害怕，是真的有东西在跟着我们。”
“好了好，你们两个别吵了……”
就在小智打算再次嘲讽小霞的时候，他看到了小霞所说的那个东西。
而那个东西正在向皮卡丘靠近——停电的神奇宝贝中心不安全，这是小智旅行时学到的第一课。
看着这个围绕着皮卡丘转圈的神奇宝贝，小智拿出了图鉴。
“哔，小磁怪，磁石神奇宝贝，是空中移动型的，但是构成不明，是电气型，目前还有很多不明之处的神奇宝贝。”
“这个神奇宝贝它来干什么啊？”
“说不定刚才发电厂停电，就是它造成的。”
“就这一只？不会吧。”
“它是电气型的神秘神奇宝贝呀。”
“好，总之先收服它，调查看看。”
“先等一下，小磁怪看起来不像是想战斗的样子。”
小磁怪正在通过电流与皮卡丘对话，就在小智好奇它两在说些什么的谢时候，小磁怪突然走了。
“它怎么走了啊？”
小刚突然嗅到一股了怪味。
“你有没有闻到什么臭味啊？”
“好像有耶。”
“确实有。”
这时他们身后的，天花板上的通风管道的盖掉了下来，还掉下来了一坨紫色的神奇宝贝。
“好臭啊，就是它们。”
“臭死了。”
“它们是什么啊？”
“哔，臭泥怪，臭泥神奇宝贝，属于从臭泥浆中出生的神奇宝贝，擅长的绝技是臭泥攻击。”
“原来小磁怪不见，是这些臭泥怪的关系啊。”
“这就是臭泥怪的味道吗？真是太臭了。”
听到这话，臭泥怪们开始生气。
“小智，你要小心，不要伤了神奇宝贝的自尊心，快点道歉啊。”
“对不起啊，我认为呢，世界上最香的气味非臭泥怪的味道莫属了。”
“你胡说什么了啊？真的是臭的要命了！”
“小霞，你这个大嘴。”
突然一只大型臭泥怪，从臭泥怪中“站”了出来。
“啊？这么大。”
“是臭泥怪的老大吗？”
“哔，臭臭泥，臭泥怪的进化型，身体所带的泥巴含有毒素，必须小心。”
在这时，臭臭泥指挥着臭臭怪们发起进攻，小智他们也只好派出自己能在室内作战的神奇宝贝进行回应，很明显，发电厂停电是臭泥怪们搞的怪。
小智这边的神奇宝贝少于对面，就在小智他们快要败下阵来的时候，小磁怪带着它的同伴赶到了。
小磁怪们很轻松的赶跑了臭泥怪们，而它们跑了之后，发电厂也开始遇作了起来。
在小智他们正高兴的时候，却发现臭臭泥还留在这里，而就在小智打算再次派上小火龙它们时，因小磁怪们的电力而恢复健康的皮卡丘，站了出来。
皮卡丘与跟它交流的那个小磁怪，合力使用十万伏特击败了臭臭泥，而小智也果断丢出宝贝球，收服臭臭泥。
画面来到火箭队之边，本来打算逞停电去神奇宝贝中心偷神奇宝贝，却被群莎小智抓了个正着，他们现在正在挖地道越狱。
小智一行人在神奇宝贝中心门口，与乔伊小姐和君莎小姐告别。
“大量臭泥怪的出现，就是因为大海被污染的太严重了，关于如何处理这一点，以后就得靠你们了。”
“真是惭愧，我一定会非常努力，跟大爷起让大海早日恢复原来的美丽。”
“也许黒云市可以因此丽脱胎换骨，变成有蓝色天空的城市。”
小智几人离开黑云市的时候，脸上都带着光彩；而装有臭臭泥的宝贝球也被传送给大木博士了。